Этот вопрос расследовался Комиссией Уоррена. Даллес, который решительно отрицал теорию заговора, был инициатором привлечения нескольких экспертных групп, которые установили: сиденья Кеннеди и Конналли были расположены так, что пуля двигалась по траектории, которая вполне могла привести к ранению губернатора. И главное, было неопровержимо доказано, что всеми найденными пулями были произведены выстрелы из одной винтовки — той самой, которая принадлежала Освальду⁵⁵⁸. Так подтверждалось то исходное мнение, которое высказывал Даллес с самого начала расследования. Это было тем более важно, что в том случае, если бы возникли малейшие подозрения в том, что стрелял не один человек, что Кеннеди был убит в результате заговора, более решительного адепта такой теории, чем Даллес, просто не могло быть в силу его взглядов, его предыдущего опыта. Даллес оказался в комиссии объективным и дальновидным.

Видимо, имея это в виду и стремясь сохранить многоопытного Даллеса в своём, хотя отдалённом окружении, Джонсон дал ему ещё одно поручение. В июне 1964 года в штате Миссисипи исчезли три активиста, проводивших агитацию за подлинно равные права негров. Расовое равенство было к этому времени установлено законодательно рядом актов, принятых Конгрессом, причём все послевоенные президенты — Трумэн, Эйзенхауэр, Кеннеди, сам Джонсон — были инициаторами всё новых и новых федеральных мер по предотвращению расовой дискриминации, в частности наиболее живучей её формы — сегрегации, отделении негров от белых. Но от законодательных мер до их подлинного проведения в жизнь была немалая дистанция.

Местные органы штата Миссисипи, по мнению Джонсона, не проводили должного расследования, чтобы найти следы явного преступления, приведшего к исчезновению борцов за равные права. Джонсон попросил Даллеса отправиться в столицу штата город Джексон, чтобы попытаться разобраться в этих событиях и, главное, припугнуть администрацию заинтересованностью в расследовании со стороны самого президента. Хотя по форме Даллес должен был стать, по словам Джонсона, «беспартийным наблюдателем»⁵⁵⁹, это было далеко не так на деле. Президент рассматривал расистские акции в Миссисипи как вызов ему самому, так как явное убийство произошло через три дня после принятия Конгрессом широкомасштабного закона о гражданских правах, разработанного ещё при Кеннеди и теперь внесённого в Конгресс и после утверждения подписанного Джонсоном.

Аллен с неохотой принял поручение Джонсона. Он не считал себя достаточно компетентным для того, чтобы расследовать уголовное преступление, тем более на расовой почве, да и не желал втягиваться в конфликты по этому поводу. Тем не менее доверие президента было для него важно. Он отправился в Джексон. Действительно, прибытие личного представителя федеральных властей, тем более бывшего директора ЦРУ, активизировало расследование. В его ходе было быстро установлено, что троих активистов (двух белых и одного чёрного), проводивших кампанию «Лето свободы» (за подлинное допущение чёрных к избирательным урнам), похитили и убили местные куклуксклановцы, которым помогала полиция графства Нишоба.