Даллес действительно вёл себя в комиссии совершенно тихо. Он почти не вмешивался в проводимые допросы, но проявлял некоторую активность, когда в качестве свидетелей выступали сотрудники секретных служб. В то же время вне заседаний, то есть тогда, когда не велись записи, он давал советы другим членам комиссии, как вести допросы сотрудников ЦРУ и ФБР, не заставляя их выдавать государственные тайны, которые они поклялись держать в глубоком секрете. По свидетельству других членов комиссии, Даллес «систематически использовал своё влияние, чтобы держать комиссию в определённых рамках, важность которых мог определить только он сам. С самого начала, прежде чем были представлены какие-либо доказательства, он настаивал на окончательном вердикте, что Освальд был сумасшедшим стрелком, а не агентом национального или интернационального заговора»⁵⁵⁶.

Мнение Даллеса, по всей видимости, было основано на его опыте и знаниях, а не на попытке скрыть какой-либо заговор с целью убийства Кеннеди. Допросы свидетелей, в которых принимали участие члены комиссии, подтверждали версию, что выстрелы были действительно произведены одиночкой. Мнение Даллеса совпало с убеждением всех членов комиссии. 24 сентября 1964 года итоговый доклад Комиссии Уоррена был представлен президенту Джонсону. Это был второй и последний раз, когда Даллес находился в президентском кабинете при этом президенте. Джонсон был пятым президентом Соединённых Штатов, с которым общался Аллен Даллес. На докладе, вручённом Джонсону, стояла его подпись, как и подписи всех остальных членов комиссии. Через несколько дней доклад был опубликован⁵⁵⁷, а затем последовала публикация всех материалов расследования в 26 томах. Согласно докладу, Кеннеди был убит Ли Харви Освальдом, трижды выстрелившим из винтовки с 6-го этажа склада школьных учебников в центре города Далласа, штат Техас. Две пули ранили президента, одна смертельно.

Впоследствии появились самые разнообразные версии убийства, опровергавшие выводы Комиссии Уоррена. Некоторые доводы критиков представлялись убедительными. Наибольшее внимание общественность уделила критике «теории одной пули», которую иронически называли «волшебной пулей». Дело в том, что комиссии были представлены материалы о том, что та самая пуля, которая попала в шею Кеннеди, но не была смертельной, не только вышла наружу, но затем ранила сидевшего на откидном кресле губернатора Техаса Джона Конналли. Авторы альтернативных схем убийства утверждали, что такое не могло произойти, что Конналли был ранен четвёртым выстрелом. Это, по их мнению, доказывало, что был по крайней мере ещё один стрелок, то есть существовал некий заговор с целью убийства Кеннеди.