После окончания института и получения квалификации горного инженера Каныш Сатпаев был направлен в Атбасарский трест цветных металлов на должность начальника геологического отдела, а через год (в 1927), избран членом правления данного треста.

В ведении Атбасарского треста находилось медное месторождение и недостроенный медеплавильный завод в посёлке Карсакпай. Строительство завода начали англичане, взявшие в концессию у бая Карсакпая территорию и начавшие поиски меди. Они построили плавильный цех, частично установили оборудование, но много меди найти им не удалось. После февральской революции англичане покинули завод, который впоследствии решила достроить советская власть. Каныш Сатпаев, как главный геолог треста, ознакомившись с месторождением, пришел к выводу, что в Джезказгане имеются огромные запасы меди. Другие специалисты полагали, что запасов меди хватит не более, чем на 10–15 лет.

Он полагал, что находящийся неподалёку Карсакпайский завод не осилит объём добытой в Джезказгане руды и что в регионе необходимо построить водохранилище и проложить ширококолейную железную дорогу. Со всеми этими предложениями он регулярно обращался в вышестоящие органы, выступал в печатных изданиях, и даже предлагал внести развитие региона в пятилетний план развития экономики СССР. Однако мнение Сатпаева не встретило поддержки у руководства треста, Геолкома и в других вышестоящих инстанциях. В 1933 г. на финансирование разведочных работ в Джезказгане была оставлена сумма в размере 1 % от 1932 г.

Сатпаев в целях сохранения кадров и продолжения работ был вынужден искать дополнительные источники финансирования. Он заключил соглашение с трестами «Золоторазведка» и «Лакокрассырьё» о разведке месторождений необходимых им ископаемых и обратился за помощью к М. А. Усову и его другу, профессору В. А. Ванюкову. Они организовали Сатпаеву выступление в Академии наук СССР, где Каныш смог доказать обоснованность сделанных им выводов по запасам медной руды в Джезказгане. В постановлении третьей сессии Академии 1934 г. говорилось о необходимости строительства в течение третьей пятилетки в Джезказгане медеплавильного комбината. Сессия также поддержала предложение Сатпаева о строительстве железнодорожной линии Джезказган — Караганда — Балхаш. Затем Каныш Имантаевич обосновал свои предложения перед наркомом тяжёлой промышленности Г. К. Орджоникидзе. После этого в регионе начались широкие исследовательские работы. Впоследствии оказалось, что Джезказганское медное месторождение было на тот момент крупнейшим в мире по прогнозируемым запасам. К 1940 г. в Джезказгане было построено Досмурзинское водохранилище и железная дорога, соединяющая Джезказган, Караганду и Балхаш.