За открытие Джезказганского месторождения Каныш Сатпаев в 1940 г. был награжден орденом Ленина.

В 1935 г., исследуя Джезказганскую область, Каныш Сатпаев обнаружил камень с надписью, который был оставлен Тамерланом в 1391 г., во время похода в казахскую степь. Осенью 1936 г. данный камень был отправлен в Эрмитаж.

В 1941 г. Каныш Сатпаев переехал из Жезказгана в Алма-Ату, некоторые источники сообщают, что по инициативе 2-го секретаря ЦК Компартии Казахстана Жумабая Шаяхметова. Он был назначен директором Института геологических наук и заместителем председателя президиума Казахского филиала Академии наук СССР (КазФАН СССР). В 1942 г. Сатпаев был назначен председателем президиума казахского филиала Академии наук СССР.

Вначале войны СССР фактически остался без марганца, так как в августе 1941 г., немецкая армия захватила Никополь, основное месторождение марганца в Советском Союзе, а в конце ноября перерезала железнодорожный путь к Чиатурскому месторождению, второму по значимости после Никополя.

Сатпаев заметил марганцевые проявления в Джезды, в Джезказганской области, ещё в 1928 г. Вспомнив об этом, он организовал геологоразведочный отряд в целях изучения местности на наличие марганца. Затем несмотря на отрицательное заключение комиссии наркомата черной металлургии СССР, Сатпаев добился рассмотрения вопроса об открытии рудника в Джезды в ЦК КП (б) Казахстана. Руководство Казахстана признало правоту Сатпаева и сообщило о своём решении ГКО, который поручил построить в Джезды рудник и начать выдавать руду уральским заводам. К 1943 г. рудник выдавал 70,9 % марганцевых руд страны.

«Они нашли какое-то Джезды», — говорят, в раздражении бросил Гитлер в 1942 году, когда уральский танкоград, лишенный никопольского и практически отрезанный от чиатурского марганца, вопреки ожиданиям стал увеличивать производство броневой стали. «…Первый марганец поступил в Магнитогорск уже 12 июня 1942 года. Врагов поливал казахстанский свинец, броня „тридцатьчетверок“ была легирована казахстанскими металлами, которые разведывались в спешном порядке и необычайно скоро шли в дело», — писали в своей статье «Академик» спецкор журнала «Знание — сила» Александр Гангнус и доктор геолого-минералогических наук Наталья Фогельман. И кто знает, насколько затянулся бы исход Великой Отечественной, не будь принято то судьбоносное решение, реализовал которое Каныш Сатпаев.

В 1942 г. Сатпаеву присудили Сталинскую премию за монографию «Рудные месторождения Джезказганского района», обобщавшую результаты исследований, полученные им за 15 лет изучения региона. Помимо этого, к тому моменту Канышем Сатпаевым было опубликовано более сорока научных трудов. По совокупности работ 17 августа 1942 г. Высшая аттестационная комиссия присвоила Сатпаеву степень доктора геолого-минералогических наук.