После окончания училища Каныш Сатпаев, несмотря на возражения отца, поступил в учительскую семинарию в Семипалатинске. Он болел туберкулезом, поэтому экзамены для получения диплома сдавал экстерном (1918 г.).

Сатпаев работал учителем естествознания двухгодичных педагогических курсов в Семипалатинске. Он хотел получить высшее образование, однако с аттестатом семинарии в то время в вузы принимали только при условии сдачи экзамена по математике и одного иностранного языка.

1920–1921 гг. он провел в родных краях, куда вернулся на кумысолечение из-за обострившегося туберкулеза. В это время Каныш Сатпаев начал составление учебника по алгебре для казахских школ. Работу над ним он завершил в 1924 г. Данный учебник стал первым школьным учебником алгебры на казахском языке.

В 1920 г. Сатпаев был назначен первым в Баянауле председателем Казкультпросвета (отдел по проведению культурно-просветительной работы среди трудящихся), созданного советской властью. Тогда же постановлением Павлодарского ревкома он был назначен народным судьёй 10-го участка Баянаульского района.

В начале 1921 г. произошла встреча, которая круто изменила жизнь Каныша Сатпаева. В это время в Баянаул приехал на лечение приехал известный советский геолог, профессор и декан горного факультета Томского технологического института Михаил Антонович Усов. Он заинтересовал 22-летнего парня рассказами о геологии и в 1921 г. Сатпаев оставил должность народного судьи и поступил в технологический институт в Томске. Усов поселил Сатпаева у себя в профессорской квартире, так как при вузе общежития не было. Таким образом преподаватель выразил благодарность казахской семье за гостеприимство, оказанное ему в Баян-Ауле^{141}.

Однако уже в начале 1922 г. у него опять обострился туберкулёз, и Сатпаеву пришлось оставить учёбу и вернуться в аул. Продолжение учёбы было поставлено врачами под большое сомнение. Не желая отставать от однокурсников, Сатпаев проходит курс обучения дома. В этом ему помогал М. А. Усов, который, используя разные способы (поезда и др.) высылал студенту необходимые материалы. Сатпаев пропустил второй курс, находясь целый год вдали от Томска. Вернувшись, он сдал все экзамены для продолжения обучения, восстановился на третьем курсе. Успешно окончил институт в 1926 г. Первым его поздравил Михаил Усов, занимавший тогда должность проректора института по учебной работе.

В Томске, в начале 1921 г., Каныш познакомился со своей супругой Таисией Алексеевной Кошкиной. До Таисии Каныш был женат на Шарипе и имел от нее дочерей Ханису (1921–2016), Шамшиябану и сына Майлыбая (умер в возрасте 16 лет). С Таисией у Сатпаева были две дочери — Меиз и Мариям. Кроме того, у Сатпаева была внебрачная дочь Джамиля.