Существует версия, что первоначально восставшие обратились к Шакариму, который им сказал: «Вы напрасно это затеяли. Советскую власть сейчас, на ее 14-м году безраздельного правления, не одолеете. Погубите себя и ваших детей, много крови прольется. Лучше откажитесь от выступления». Но его не послушались^{26}.

Существует несколько версий убийства чекистами Шакарима. Согласно одной из них, Абзал Карасартов, получив сведения от агентов о передвижении Шакарима, устроил засаду с двумя подручными. «Утро 2 октября 1931 года выдалось пасмурным и туманным. Семидесятитрехлетний поэт спустился с небольшой сопки в сопровождении сына Зията и еще одного аульчанина. Старик шел пешком, держа в поводу своего коня, а спутники были верхом на лошадях. Все трое, не подозревая, шли прямо на засаду. Когда они оказались близко, Карасартов дал команду своему подопечному, начальнику районной милиции Халикову, сразить первым пешего. Грянул прицельный выстрел… И Шакарим с тымаком на голове вскрикнул, опустившись на колени. Всадники быстро развернулись, и следующие пули их не достали. Халиков, Карасартов и милиционер Абдраим Шаробаев подошли к Шакариму. Тот узнал их и простонал: „Не стреляйте, вы же люди, вы же мусульмане! Отвезите меня к представителям власти. За что же мне такое наказание?“. Халиков и Шаробаев растерялись — не каждый день приходится убивать любимца всего народа. А Карасартов не дрогнул. Он заорал: „Идиоты, чего вы стоите?! Вот он перед вами — главный бандит, вдохновитель всех этих бунтовщиков. Стреляйте, пора заткнуть ему глотку, стреляйте же!“. Халиков поднял винтовку и выстрелил. Поэт вскрикнул последний раз и затих…

Так был убит Шакарим Кудайбердиев. Тело его сбросили в старый колодец. Убийцы думали, что тем самым сотрут из памяти людей его имя и следы преступления. Но не получилось. Нашелся человек, который через тридцать лет показал Ахату Шакаримулы тот колодец, в котором лежали останки его отца.

Спешно было сфабриковано дело, в котором утверждалось, что во время перестрелки был убит главарь антисоветского бунта, бывший волостной правитель, богослов-исламист, хаджи Шакарим Кудайбердиев. Все труды Шакарима были сожжены. Кочегар ГПУ по имени Шаукен спас от огня единственную фотографию Шакарима»^{26}.

Согласно другим версиям, Шакарим случайно натолкнулся на отряд милиции во главе с Абзалом Карасартовым, когда с группой казахов пытался бежать в Китай. Шакарим отделился от группы и один вышел к отряду сотрудников ГПУ. Те его не узнали, был густой туман, и выстрелили в Шакарима. По этой версии, приказ был отдан Абзалом Карасартовым, стрелял татарин по фамилии Халитов — учитель села Абай. По мнению исследователей, эта версия была распространена по приказу Абзала Карасартова. Согласно устной молве, Шакарим был у себя в охотничьей сторожке и собирался сесть на коня, когда в него неожиданно выстрелил сам Абзал Карасартов. По другим версиям, группа Абзала Карасартова встретила и арестовала Шакарима в момент, когда тот вернулся с охоты и спешился с лошади у охотничьей сторожки. Его увезли в другое место, где вначале пытали, затем расстреляли и закопали тело в заброшенном колодце^{126}.