В конце XIX в., кроме города Верного, где находилась резиденция наказного атамана, семиреченские казаки населяли 13 станиц: Сергиопольскую, Урджарскую, Лепсинскую, Сарканскую, Копальскую, Коксуйскую, Каскетинскую, Голубовскую, Надеждинскую, Софийскую, Большую Алматинскую, Малоалматинскую и Николаевскую. Кроме того, они имели 17 выселков. Во главе станиц и выселков стояли станичные и выселковые атаманы со станичными и выселковыми правлениями. Станицы объединялись в уезды.

На начало 1894 г. население на территории Семиреченского войска составляло 32 772 человек, в том числе войсковое 25 369 (13 141 мужчин и 12 228 жен.) и 7403 иногородних; 30 340 человек православного вероисповедания, 15 христиан других конфессий, 68 евреев, 2339 магометан и 10 язычников^{24}.

По данным на начало 1914 г. в составе Семиреченского казачьего войска было 19 станиц и 15 выселков, с населением 22 473 войскового сословия (из них 60 офицеров и 5767 казаков готовых на службу, при 3080 лошадях)^{32}.

В мирное время войско выставляло 1 конный полк с 32 офицерами, 668 нижними чинами и 708 лошадей, а в военное — три конных полка четырёхсотенного состава, с 45 офицерами, 1965 нижними чинами и 2106 лошадей. Кроме того, с 1906 г. в состав 3-й сотни лейб-гвардии Сводно-казачьего полка входил взвод семиреченских казаков.

Семиреченское казачье войско подчинялось Главному управлению казачьих войск, которое осуществляло руководство через командующего войсками Семиреченской области, который являлся одновременно наказным атаманом, и подчинялся сначала Туркестанскому, затем, с 1882 г. степному, а с 1899 г. снова туркестанскому генерал-губернатору^{30}.

Для семиреченских казаков было характерно развитое самоуправление. Специальным положением 1870 г. вместо подчиненности населения военному губернатору и уездным начальникам вводилось почти полное самоуправление в станичных обществах. Важная роль отводилась главному органу самоуправления — сходу, на котором могли присутствовать и лица невойскового сословия, имевшие недвижимость в районе станиц, но они получали право голоса только в делах, их касающихся.

После того как в 1869 г. началась активная крестьянская колонизация края, между казаками и крестьянами началась пассивная конфронтация.

Семиреченские казаки активно участвовали в завоевании Средней Азии Российской империей. Первой крупной акцией, которую предприняло новое войско (вместе с сибирцами), стал Кульджинский поход 1871 г. Кульджа была вторым по величине городом Илийской провинции, располагаясь на выгодных торговых путях во внутренние районы Китая. В 1871–1881 гг. этот край находился под протекторатом России, а позже здесь обосновалось русское консульство, действовала школа военных переводчиков, отделение Русско-китайского банка. В самом городе было много русских магазинов, мельниц и даже небольшая больница.