Возглавил казачью «Организацию тринадцати» в Омске, вскоре переформированную в партизанский отряд (01.1918). Организовал налет на Омский казачий собор, похитив знамя Ермака и войсковое знамя в честь 300-летия дома Романовых.

12 марта 1918 г. во главе партизанского отряда начал боевые действия против красных и 19 марта взял Омск, но к концу апреля большевики смогли отбить город.

Избран Войсковым атаманом Сибирского казачества, нелегально созванным в станице Атаманской (под Омском) войсковым кругом Сибирского казачества.

С образованием Временного Сибирского правительства в Омске отряд Анненкова был включен в состав отдельного Уральского армейского корпуса (с 26.08.1918 — III Уральского армейского корпуса).

В июне-октябре 1918 г. отряд Анненкова вместе с белочехами Р. Гайды выбил красных из Омска. Затем нанёс поражение отрядам И. Д. Каширина и В. К. Блюхера на Верхне-Уральском фронте и взял Верхнеуральск.

После взятия Уральска и Троицка Б. В. Анненков сформировал 4 полка, артиллерийский дивизион и несколько вспомогательных подразделений. По рекомендации казачьего круга ему было присвоено звание полковника (19.10.1918).

В сентябре 1918 г. вынужден покинуть фронт III Уральского армейского корпуса и жестоко подавил большевистское восстание в Славгородском и Павлодарском уездах. Сначала анненковцы сожгли деревню Черный Дол, затем вошли в Славгород (Алтайский край), при обороне которого погибло 150 красноармейцев. Согласно одному из источников, всего было убито 1667 человек. В Черном Доле изнасиловали 10 женщин, даже 13-летних девочек, а в поселке № 42 были изнасилованы все женщины^{6}. Семипалатинская область и Алтайская губерния были «почти сплошь перепороты отрядом Анненкова…». На судебном процессе в Семипалатинске в июле 1927 г. Б. В. Анненков признал, что предотвратить «эксцессы» в обстановке вооруженного столкновения «не было возможности».

Источники отмечают, что Б. В. Анненков всегда сохранял партизанскую самостоятельность, зачастую не выполняя приказы командования. Атаман стремился к своеобразной военной демократии в своих частях. Офицером можно было стать, только пройдя все ступени, начиная с рядового. В его отряде действовали и другие правила. Слово «господин» заменялось словом «брат». На приветствие отвечали словом «привет», на благодарность — «стар», на поздравление — «благодар». На знамени отряда был начертан девиз «С нами Бог» и вышита эмблема в виде человеческого черепа с двумя перекрещенными костями. Анненков не играл в карты и другие азартные игры, не курил, не употреблял спиртное, не был замешан в скандальных любовных похождениях, что выгодно отличало его от многих командиров эпохи Гражданской войны. В партизанской дивизии Анненкова было запрещено употребление спиртного, пьяные изгонялись. «Штаба и свиты у атамана нет, — сообщала одна из газет того времени, — только пишущая машинка и вестовые. За сквернословие на третий раз изгонялись. Образцовая дисциплина, хорошее снаряжение, три рода оружия, преобладают интеллигентная молодежь, казаки и киргизы» (Мое прим.: киргизами в то время называли казахов). Управляющий Военного министерства Сибирского правительства генерал-лейтенант А. П. Будбергдал Б. В. Анненкову такую характеристику: «Этот атаман представляет собой редкое исключение среди остальных сибирских разновидностей этого звания; в его отряде установлена железная дисциплина, части хорошо обучены и несут тяжелую боевую службу, причем сам атаман является образцом храбрости, исполнения долга и солдатской простоты жизни»^{29}.