В японской войне семиреченские казаки не участвовали, но были мобилизованы и подавляли мятеж в Туркестане.

Полки трёх очередей войска были мобилизованы для участия в Первой мировой войне. На январь 1917 г. из 6107 военнообязанных казаков на военной службе состояло 4167 человек. 1-й полк воевал в действующей армии. 2-й Семиреченский казачий полк нёс оккупационную службу в Персии и вернулся в Верный из Персии 31 января (13 февраля) 1918 г. Еще в пути, при движении через охваченные большевизмом районы, полк оказался распропагандированным большевиками и частично сдал оружие Самаркандскому Совету. 13 (26) февраля 1918 г. на Войсковом Круге, состоялись выборы Войскового атамана, и на этот пост был избран командир 2-го Семиреченского казачьего полка полковник Генерального штаба Александр Михайлович Ионов, а уже в ночь со 2 на 3 марта (нового стиля) в Верном произошло восстание большевиков с участием революционно настроенных казаков 2-го полка, в результате чего органы Временного правительства и Войсковой Круг были разогнаны. Некоторое время Войсковой Совет и Войсковое правительство еще пытались наладить отношения с образовавшимся после переворота Военно-революционным комитетом, тем более, что в марте у них появилась более надежная опора чем 2-й полк — из Действующей армии в Семиречье возвратились 1-й Семиреченский казачий генерала Колпаковского полк, Семиреченский взвод Лейб-Гвардии Сводно-Казачьего полка и 2-я Семиреченская отдельная казачья сотня. Но, почувствовав свою силу, Семиреченский ВРК арестовал Войскового атамана и распустил Войсковой Совет. Казаки-фронтовики, частично сдав оружие совдепу, разъехались по домам.

Впоследствии часть казаков во главе с генерал-майором Ионовым приняла участие в Гражданской войне на стороне белых.

В декабре 1918 г. с приказом освободить Семиречье от красных в область прибыл атаман Сибирских казаков Борис Анненков, получивший под командование второй Степной корпус. С этого же момента начинается его вражда с Александром Ионовым.

Весной-летом 1919 г. боевые действия затихли и велись в основном вокруг зоны Черкасской обороны. Несмотря на упорное сопротивление большевиков, в июле белые войска захватили большую часть территории, а также отразили ряд атак войск Северного фронта, нацеленных на прорыв и соединение с черкасскими защитниками. В свою очередь красным удалось отбить удары по своим флангам в районе Кольджата, Джаркента и Пржевальска. В октябре 1919 г. Колчак отозвал Ионова в Омск, заменив его генерал-майором, семиреченским казаком, Николаем Щербаковым, который сумел найти общий язык с Анненковым. Однако в конце 1919 г. белые потеряли Омск и Семипалатинск. Семиреченская армия оказалась отрезана от основных сил, а сам регион наводнили голодные, тифозные и обмороженные остатки оренбуржских войск. После того как 12.01.1920 г. большевики взяли Сергиопольскую станицу — самый северный опорный пункт семиреков, белая армия оказалась зажата в тиски с юга, запада и севера. На востоке, в тылу у них была китайская граница. Тем не менее, Борис Анненков принять решение закрепиться и удерживать позиции. Для этого имевшиеся части были переформированы и разделены на Северную (остатки Оренбургской армии), Центральную (возглавил сам Анненков) и Южную группы.