После прихода тепла возобновились боевые действия. К этому времени у казаков почти закончились боеприпасы и продовольствие. Реквизиции у местных приводили к волнениям и недовольству не только среди жителей, но и внутри армии. Когда стало ясно, что удержать фронт нельзя, Анненков передал приказ отходить к границе. Однако не все командующие его выполнили, многие предпочли капитулировать (практически вся Южная группа), сдаваясь вместе с остатками войск после получения гарантий безопасности и недопущения расправ. Отрядам Северной группы удалось преодолеть перевал Кара-Сарык, после чего они были интернированы. Последней Россию покинула Центральная группа Анненкова.

После разгрома белых, война в Семиречье, приняла партизанский характер. Непрекращающиеся реквизиции продовольствия и зачистка станиц вскоре привели к Верненскому мятежу.

Часть эмигрировавших казаков-семиреков отправилась дальше на Дальний Восток, другая — осела в Синьцзянском районе Китая. Вскоре оставшиеся казаки возобновили вооруженную борьбу с большевиками. Они совершали стремительные набеги на территорию России, громя и уничтожая небольшие отряды красных. Граница между Западным Китаем и Семиречьем стала напоминать линию фронта. В свою очередь, большевики проводили среди эмигрировавших казаков пропагандистские кампании за возвращение, неоднократно подкупали власти Синьцзяна, дабы получить разрешения на ввод в провинцию крупных карательных отрядов, совершающих рейды по казачьим поселениям. В 1921 г. во многих городах Синьцзяна появились торговые представительства РСФСР, а под их прикрытием страну наводнили агенты ЧК, начавшие охоту за руководителями белого движения. Недооценив работу советских спецслужб, погибли главные лидеры сопротивления: атаман Оренбургского казачества Александр Дутов и полковник П. И. Сидоров, был заманен в ловушку и вывезен в СССР на казнь Борис Владимирович Анненков. Семиреченский атаман Николай Щербаков, не дожидаясь прихода наемных убийц, двинул с небольшим отрядом на восток. Однако в пустыне Гоби он подхватил пятнистый тиф и умер в сентябре 1922 г. Казаки из его отряда дошли до Шанхая, где основали Семиреченскую казачью станицу.

Одним из немногих выживших предводителей Семиреченских казаков был атаман Александр Ионов. Эвакуировавшись из Владивостока, он оказался в Новой Зеландии, потом в Канаде и, наконец, в США, где и прожил до конца своей жизни. Ионов умер 18 июля 1950 г. в городе Нью-Йорке.

Остатки белоказаков, эмигрировавших в Кульджу в 1920 г., позднее составили основу войск Синьцзяня и приняли участие в синьцзяньской войне 1933 года^{1}{7}{30}.