Дисциплину Б. В. Анненков поддерживал, опираясь на военно-полевой суд, состоявший из офицеров, и специальную комиссию, действовавшую на основе дореволюционных законов и приказов штаба Верховного главнокомандующего. Одновременно применялись и внесудебные решения, которые утверждал сам атаман и приводила в исполнение получившая очередной наряд часть. Этому способствовал интернациональный характер отряда. В нем были батальон китайцев и афганцев и сербы. Это укрепляло положение атамана: в случае необходимости китайцы без особого смущения расстреливали русских, афганцы — китайцев, и наоборот.

Самостоятельность и самоуправство Анненкова привели к тому, что глава Сибирского правительства П. В. Вологодский потребовал его смещения. В ответ Исполняющий дела военного министра генерал Сукин заявил, что отряд не выдаст атамана и его можно будет взять только с боем. К тому же он имеет значительные силы. В итоге Совет министров постановил расследовать незаконные действия Анненкова. Его вызвали в Омск, но атаман отказался подчинить свой отряд 2-му Степному сибирскому корпусу, который действовал в Семиречье, и вернулся, захватив с собой около полутысячи новых добровольцев.

15 октября 1919 г. приказом адмирала А. В. Колчака «атаман Анненков за боевые отличия, исключительную храбрость, проявленную в боях 12–14 сего октября, награждается Орденом Святого Великомученика Георгия 4-й степени». Этим же приказом он производится в генерал-майоры.

23 октября 1918 г. партизанский отряд полковника Б. В. Анненкова передан в подчинение атамана Семиреченского казачьего войска и переименован Партизанскую атамана Анненкова дивизию, которая первоначально входила в состав 2-го Степного корпуса.

Дивизия состояла из казаков, мобилизованных русских крестьян, казахов (сведённых в т. н. алаш-ордынские полки), афганцев, уйгуров, китайцев, составлявших отдельный Маньчжурский полк. В докладе начальника Особой канцелярии, выполнявшей функции белогвардейской контрразведки, особо отмечалось, что «китайцы атамана Анненкова наводят на жителей страх и заставляют жителей покидать свои дома». Автор доклада цитирует письмо одного из анненковских солдат: «Из Андреевки все ушли, боялись китайцев Анненкова, которые обращаются не по-человечески (бесчеловечно)».

С января 1919 г. Анненков действовал в Семиречье, в основном на юго-востоке Семиреченской области (Копальский и Лепсинский уезды). Командир II Степного Сибирского армейского корпуса (с 26.11.1919, сменил генерала И. С. Ефтина). Командующий отдельной Семиреченской армией (с конца 1919), созданной из частей II Степного Сибирского армейского корпуса и Отдельной Оренбургской армии