Опытные сотрудники из числа членов профессорско-преподавательского состава, длительное время работающие с Сергеем Антоновичем, отдавали предпочтение ему как кандидату на должность ректора КГТУ. Было сомнение, хватит ли у него смелости взвалить такую ношу на свои плечи и насколько крепко его здоровье для такой напряженной работы. Следует отметить, что на момент выборов для руководства вузом требовался кандидат с опытом работы в условиях перестройки. Он принял решение участвовать в выборах, и был избран ректором КГТУ подавляющим большинством голосов участников конференции. Это решение было одобрено Коллегией Минобрнауки России, и он был утвержден в должности ректора в мае 1996 года.

Самым важным качеством Сергея Антоновича была способность воспринимать действительность в реальных границах, делать правильные выводы и принимать обоснованные решения. Кроме этого, С. А. Подлесный обладал колоссальным трудолюбием, что позволяло ему быть компетентным по всем вопросам в сфере образования.

Мне пришлось много раз участвовать в работе комиссий Минвуза, затем Минобрнауки по аттестации работы вузов, и там, где во главе коллектива стояли грамотные руководители, как правило, вуз работал успешно.

Сергей Антонович оправдал надежды избравшего его коллектива, стал достойным продолжателем дела В. Н. Борисова и А. М. Ставера. Под его руководством КГТУ стал позиционироваться как многофункциональный вуз, открыты 22 новые специальности, 9 докторских и кандидатских диссертационных советов, 3 научно-исследовательских института, 5 конструкторских бюро, создано уникальное электронное предприятие, позволившее вести профессиональную подготовку специалистов и научные исследования. КГТУ активно сотрудничал с НИИ Сибирского отделения Академии наук, специальным конструкторским бюро «Наука», рядом промышленных предприятий, банковскими структурами.

В университете была разработана и реализовывалась комплексная программа развития КГТУ до 2010 года. Система менеджмента качества университета в 2003 году получила сертификат соответствия требованиям ГОСТ Р ИСО 9001–2001 Госстандарта РФ.

В это время университет приобрел более 100 международных партнеров — из Швеции, Чехии, Китая, Монголии, США, Германии, Франции и других стран, был создан Региональный центр научно-технического сотрудничества с Европой, финансируемый комиссией Евросоюза, работали Информационно-аналитический центр международных проектов и бюро студенческих международных контактов.

В конце нулевых и начале двухтысячных годов стали считать, что большое количество бюджетных вузов обременительно для экономики, и в управленческих структурах страны рождаются предложения по сокращению количества вузов. В правительстве РФ и г. Красноярска был принят вариант создания Сибирского федерального университета в составе КГУ, КГТУ, КГАСА, ГУЦМиЗ, при этом за базовый принимался КГУ как имеющий самые высокие баллы по всем показателям вузовской деятельности.