Прежде чем принять предложение работы в Принстоне, Оппенгеймер первым объявил Льюису о том, что на него имеется «порочащая информация». Вначале Стросс отмахнулся от предупреждения. Однако, согласно недавно принятому Закону Макмахона, ФБР начало пересмотр секретных допусков всех сотрудников Комиссии по атомной энергии, и поэтому все члены комиссии были обязаны прочитать досье Оппенгеймера. По выражению одного из помощников Дж. Эдгара Гувера, это давало Бюро возможность «проводить расследование дела Оппенгеймера широко и открыто, потому что нам больше не требовалось таиться и осторожничать…». К Оппенгеймеру приставили агентов внешнего наблюдения, на беседы вызвали больше двадцати его коллег, в том числе Роберта Спраула и Эрнеста Лоуренса. Все они подтвердили благонадежность ученого. По свидетельству Спраула, Оппенгеймер в разговоре с ним заявил, что ему «стыдно» за свое левацкое прошлое. Лоуренс сказал, что у Оппи «была красная сыпь, но теперь он приобрел иммунитет».
Несмотря на уверения в благонадежности Оппенгеймера, ФБР вскоре дало понять Строссу и другим членам комиссии, что выдача нового секретного допуска Оппенгеймеру отнюдь не простой вопрос. В конце февраля 1947 года Гувер отправил в Белый дом выписку из личного дела Оппенгеймера на двенадцати страницах, перечисляющую связи физика с коммунистами. В субботу 8 мая 1947 года копия доклада была направлена главному юрисконсульту КАЭ Джозефу Вольпе. Вольпе запомнил, что Стросс был «заметно потрясен» прочитанным. Они вдвоем проштудировали документ. Наконец, Стросс спросил Вольпе: «Джо, что вы об этом думаете?»
«Ну, — ответил Вольпе, — если кто-то опубликует все, что есть в этой папке, и заявит, что это имеет касательство к ведущему гражданскому советнику Комиссии по атомной энергии, поднимется жуткий шум. Его биография просто ужасна. Вы сами должны определить, представляет ли этот человек угрозу безопасности в настоящее время. За исключением инцидента с Шевалье я не вижу в его досье ничего такого, что это доказывало бы».
В понедельник члены КАЭ собрались для обсуждения вопроса. Все понимали: лишение Оппенгеймера секретного доступа повлечет за собой серьезные политические последствия. Джеймс Конант и Ванневар Буш сообщили членам комиссии, что утверждения ФБР были рассмотрены и опровергнуты много лет назад. При этом они понимали, что выдача Оппенгеймеру секретного допуска требовала согласия ФБР. 25 марта Лилиенталь отправился на прием к директору Бюро. Гувера по-прежнему тревожило то, что Оппенгеймер долго медлил, прежде чем сообщить о разговоре с Шевалье. Тем не менее он неохотно признал: «Хотя Оппенгеймер какое-то время колебался на грани коммунизма, свидетельства говорят, что он уже давно и стабильно отходит от этих позиций». Услышав, что собственная служба безопасности КАЭ не считает улики достаточными для отказа Оппенгеймеру в секретном допуске, Гувер дал понять, что не будет противиться его выдаче. Он даже счел удобным переложить решение вопроса на бюрократов из КАЭ с тем, чтобы развязать ФБР руки для продолжения внутреннего расследования. Гувер, однако, предупредил, что Фрэнк Оппенгеймер — совсем другой случай и что он не даст разрешения на возобновление допуска для Фрэнка.