После этого Стросс заявил Оппенгеймеру, что «внимательно изучил» досье ФБР, но не нашел в нем ничего, что препятствовало бы назначению Роберта директором Института перспективных исследований. Официальное разрешение со стороны членов комиссии, естественно, заняло больше времени. Допуск к совершенно секретной информации категории Q был выдан Оппенгеймеру только 11 августа 1947 года. Комиссия проголосовала единогласно. Даже Стросс, самый консервативный из членов комиссии, проголосовал «за».

Первую послевоенную проверку Оппенгеймер выдержал. Однако у него сохранялись все основания полагать, что о нем не забыли. Гувер продолжал вести подкоп, хотя и объявил Лилиенталю о прекращении дела. В апреле 1947 года, всего через месяц после того, как члены КАЭ решили обновить секретный доступ Оппи, директор ФБР направил новую справку «с конкретными доказательствами фактов существенных пожертвований средств братьями Оппенгеймерами Коммунистической партии Сан-Франциско вплоть до 1942 года». Новая информация была добыта ФБР путем кражи со взломом финансовых документов из офиса КП в Сан-Франциско.

Чтобы не дать делу затухнуть, Гувер приказал агентам собирать любой компромат, какой только получится найти. Например, осенью 1947 года отдел ФБР в Сан-Франциско направил Гуверу и заместителю директора Бюро Д. М. Лэдду конфиденциальную записку с непристойными подробностями сексуальных увлечений Оппенгеймера и некоторых его близких друзей. Гуверу доложили, что некое неназванное «очень надежное лицо», работающее в Калифорнийском университете, добровольно вызвалось стать регулярным «секретным осведомителем по месту работы». Этот имярек якобы был знаком с несколькими друзьями Оппенгеймера в Беркли с 1927 года. Осведомитель ФБР описывал одну из замужних знакомых Оппи как «сексуально озабоченную особу» с замашками человека богемы. Источник утверждал, что «в кампусе все знают об этой супружеской паре как об участвующей в обмене супругами с другим работником факультета и его женой…». Очевидно, решив добавить своей записке еще больше фривольности, доносчик сообщил, что эта женщина, помимо множества внебрачных связей, в 1935 году на факультетской вечеринке напилась вдрызг и у всех на глазах ушла со студентом-математиком Харви Холлом. В качестве постскриптума информатор сообщал, что на тот момент Холл проживал на одной квартире с Оппенгеймером. Источник также утверждал, что, «как всем известно», до вступления в брак в 1940 году Оппенгеймер «проявлял гомосексуальные наклонности» и поддерживал половые отношения с Холлом.