При этом Церковь он не отделял от государства. Напротив, был уверен, что «государство тем сильнее и тем более имеет значения, чем явственнее в нём обозначается представительство духовное… В ту пору как заложены были первые основания европейской цивилизации и политики, христианское государство было крепко цельным и неразрывным союзом с единою христианской церковью… Церковь не может отказаться от своего влияния на жизнь гражданскую и общественную». И это же побуждало противодействовать планам возрождения в России патриаршества. Там, где другие видели восстановление древнецерковного строя, там Победоносцеву чудился разрыв церковных и государственных начал, вторжение западного призрака «свободной церкви в свободном государстве», где, на деле, вера считается частным и приватным делом человека, наподобие болезни или адюльтера.

Безграничная преданность православной истине заставляла Победоносцева требовать ограничительных и репрессивных мер и для католиков, и для баптистов, и для сектантов, и даже для старообрядцев, к которым, несмотря на их традиционализм, он был проникнут иррациональной враждебностью как к бунтовщикам против иерархии. Сановник был и противником поощрения в православной Империи нехристианских религий — буддизма и ислама («когда правительство русское берет на себя роль, так сказать, блюстителя за воспитанием в строго мусульманском законе — положение становится фальшивым»).

Но больше всего роптали на обер-прокурора за принуждение к Православию… самих православных. Одних возмущал проведенный им запрет показа спектаклей в Великий Пост. Других — противодействие упрощению процедуры развода. Семинаристов чрезвычайно раздражала политика принуждения их к посещению богослужений. То, что учащихся духовных учебных заведений приходится принуждать молиться, им, почему-то, странным не казалось. Секуляризующееся российское общество не принимало попыток К. Победоносцева подчинить себя диктату единой истины при помощи проповеди и предписаний, хотя вскорости придут те, кто надолго навяжет единую ложь расстрелами и партвзысканиями.

Впрочем, в церковности Победоносцева было нечто одностороннее. Любя Православие сентиментальным сердцем и защищая его взвешенным умом, Константин Петрович странным образом отказался отчужден от Духа — того главного, что строит Церковь. Он совершенно не понимал и не чувствовал православной мистики (хотя неплохо разбирался в мистике католической). В отличие от друзей — Ф. Достоевского и К. Леонтьева — он ни разу не посетил старцев Оптиной Пýстыни. Предание (возможно апокрифическое) передает фразу, якобы сказанную им праведному Иоанну Кронштадтскому: «Про вас говорят, что вы молебны служите, чудеса творите, смотрите, как бы вы плохо не кончили».