Позже становится «секретарем секретаря» нового императора — статс-секретарем при Дмитрии Прокофьевиче Трощинском, который, в свою очередь, исполнял работу статс-секретаря при Александре I. Сперанский занимается редактированием царских манифестов и указов.
В 1803 г. он уже директор департамента в Министерстве внутренних дел. У него новый начальник — граф Виктор Павлович Кочубей. Они вместе создают для Александра проекты отмены крепостного права, создания парламента и Конституции, те, что никогда не были воплощены в жизнь.
Но таланты Сперанского оказались необходимы для другого — 21 июня 1807 г., когда Александр вынужден подписать мирный договор с Наполеоном в Тильзите, ему потребовались дипломаты и секретари, и одним из них стал Сперанский.
С 1807 г. Михаил Михайлович становится личным секретарем императора. Он познакомился с Наполеоном, и тот, восхитившись его владением слогом, в шутку предложил Александру обменять Сперанского «на какое-нибудь королевство».
Александр привлекает Сперанского к составлению не только внешнеполитических документов, но и указов, касающихся внутренней политики России. В декабре 1808 г. император поручает Сперанскому составить так называемое «Введение к уложению государственных законов».
Сперанский предлагает систему, которая кажется нам привычной и само собой разумеющейся: «Три силы движут и управляют государством: сила законодательная, исполнительная и судная. Начало и источник сих сил в народе: ибо они не что другое суть, как нравственные и физические силы людей в отношении их к общежитию».
Однако народ неоднороден. «Странно бы было допустить, — пишет Сперанский, — чтобы помещичий крестьянин, разбогатев по случаю, купил деревню, населенную другими подобными крестьянами, и управлял бы ею по закону, тогда как власть его, воспитанием не предуготовленная, ни познания закона, ни морального к себе уважения приобресть не может. Из сего следует, что собственность недвижимых имений населенных не может принадлежать всем без различия, и должен быть класс людей, коему бы право сие принадлежало исключительно». Таким образом, дворянство, кроме общих гражданских прав, получает еще особые права, которых не имеют другие сословия. Сперанский подчеркивает, что граница между сословиями преодолима: работник или слуга может, заработав деньги, приобрести недвижимость и перейти во второе сословие, мещанин может, получив образование и поступив на государственную службу, приобрести личное дворянство, а потом и потомственное, как это сделал сам Сперанский. «Те самые лица, кои по положению их не имеют прав политических, могут их желать и надеяться от труда и промышленности».