Чарторыйский писал: «Говорят, однако, что анонимные уведомления возбудили его (Павла. — Е. П.) подозрительность и что накануне смерти он послал за генералом Аракчеевым, чтобы назначить его на место петербургского генерал-губернатора, а Палена выслать. Если бы Аракчеев прибыл вовремя, Петербург сделался бы театром самых трагических сцен. Это был человек, одаренный чувством порядка, способностью руководить делами, разбираться во всем до мелочей с энергией, доходившей иногда до свирепости».

После смерти Павла Аракчеев по приказу Александра возглавил комиссию для преобразования артиллерии.

В январе 1808 г. Аракчеев — военный министр и генерал-инспектор всей пехоты и артиллерии. Ему случалось побывать на поле боя: он командовал пехотной дивизией в сражении под Аустерлицем, четырьмя годами позже принимал участие в войне со Швецией. 1 января 1810 г. Аракчеев оставил Военное министерство и назначается председателем Департамента военных дел во вновь учрежденном тогда Государственном совете, с правом присутствовать в Комитете министров и Сенате. В дневнике он записал: «Сегодня сдал пост военного министра. Честному человеку занимать высокие посты в государстве весьма затруднительно». На свое место он рекомендовал Барклая-де-Толли, с которым познакомился во время войны со Швецией (1808–1809 гг.).

Во время Отечественной войны 1812 г. Аракчеев назначен начальником Императорской канцелярии Александра I и ему поручена организация снабжения армии. Кроме того, именно он посоветовал Александру, возглавившему армию после отставки Барклая-де-Толли, передать свои полномочия Кутузову и вернуться в Санкт-Петербург. Совет этот связан с серьезным риском и требовал от Аракчеева немалого мужества — Александр не любил, когда пытались ограничить его амбиции, но, видимо, «кредит» Алексея Андреевича оказался настолько велик, что император послушался его.

Аракчеев находился в Заграничном походе вместе с русской армией, командовал артиллерией под Люценом и Бауценом, позже вместе с Александром побывал в Париже.

Но одновременно Аракчееву поручено и новое задание: еще, начиная с 1810 г., Александр обдумывал проект военных поселений, в которых солдаты жили бы на самообеспечении, возделывая землю и собирая урожай. Первое поселение организовали в Климовицком уезде Могилевской губернии. Здесь разместили Елецкий мушкетерский полк.

Аракчеев выступал против этой затеи, боялся, что она станет возвращением к стрелецкому войску с его своеволием, но ему поручили руководство строительством, и он строил дома для солдат и офицеров, церковь и гауптвахту, устраивал школы, больницы, сиротские приюты при поселениях. Как часто бывает при переходе от планов к конкретным действиям, вскрылось множество проблем, которые не смогли предусмотреть: солдаты за много лет отвыкли от крестьянского труда. Только все стало понемногу налаживаться, как началась война 1812 г. и эксперимент отложили.