Александр снова вернулся к нему в 1816 г. и вновь поручил организацию поселений Аракчееву. На этот раз эксперимент начали в Новгородской губернии, «под боком» Алексея Андреевича.

Население поселений составляли солдаты, их жены и дети, которые обучались в школах, с 12 лет начинали привлекаться к сельскохозяйственным работам, а с 18 до 45 лет должны были нести военную службу, совмещая ее с хозяйственными работами. Утром и вечером в поселениях проходили военные учения, днем солдаты работали в поле. В 45 лет они освобождались от строевой службы, но обязанности по хозяйству должны были выполнять до конца жизни.

По приказу Александра военные поселения могли располагаться только на государственных территориях, никак не задевая земли помещиков. Место для них нашлось не только в Новгородской, но и в Санкт-Петербургской, Витебской, Могилевской губерниях. Специализированные кавалерийские поселения размещались в Слободско-Украинской и Херсонской губерниях. К 1820 г. все военные поселения России состояли из 126 пехотных батальонов и 250 кавалерийских эскадронов.

В общем и целом эксперимент провалился. Поселениям так и не удалось выйти «на самоокупаемость», хотя, кроме попыток вернуть солдат на землю, перешли к попыткам превратить часть государственных крестьян в солдаты. Когда-то доля государственных крестьян считалась завидной, по сравнению с долей тех, что принадлежали дворянам, так как администрация не допускала в своих владениях такого самоуправства, как иные помещики. Теперь крестьянам, согнанным в поселения, не нравилось, что их заставляют брить бороды, носить мундиры, заниматься военными упражнениями и лишают даже той небольшой свободы выбора, которая прежде у них была. Чрезмерный контроль над повседневной деятельностью людей, жестокость начальства, приводили к бунтам. Восстания жестоко подавлялись, что не улучшило репутации Аракчеева. Но критики забывали о проекте Алексея Андреевича, который предусматривал сокращение воинской службы с 25 до 8 лет, и образовании военного резерва из отслуживших, но еще не старых солдат. А когда в 1818 г. Александр поручил ему составить, — ни много ни мало, проект освобождения крестьян, Алексей Андреевич выполнил и эту задачу, предложив постепенный выкуп помещичьих крестьян казной. Крестьяне должны освобождаться с небольшим земельным наделом и становиться арендаторами земли у помещика, который еще получал денежную компенсацию. Но, как известно, претворить этот план в жизнь Александр так и не решился, вероятно, к немалому облегчению его автора, который до конца своих дней остался категорическим противником самой идеи освобождения крестьян.