В конце августа 1905 года она вместе с сыном Михаилом поехала в Копенгаген, думая вернуться назад к Рождеству. Обстоятельства же так сложились, что ей пришлось задержаться. Христиан IX был очень плох и просил Дагмар побыть с ним. Она не могла отказать. Душа же рвалась обратно в Россию, туда ее влекли и мысли и чувства.
Мария Федоровна все время переживала за Сына-Царя, которому последнее время было особенно тяжело. Когда в январе 1904 года эти коварные японцы без объявления войны напали на Русский флот в гаванях далеких восточных морей, то она была страшно возмущена и целиком солидаризировалась с Николаем II, считавшим, что агрессора «надо проучить».
Начавшаяся же Русско-японская война оказалась неудачной. Россия потерпела серию поражений и потеряла значительную часть флота. Уже к концу 1904 года, после падения крепости Порт-Артур, особенно остро обозначилось трагическое положение дел. Еще страшнее было то, что внутри страны начались волнения, забастовки и беспорядки, сопровождавшиеся убийствами и невиданным насилием.
9 января 1905 года в самом центре Петербурга случилось невероятное: толпа под руководством какого-то попа-анархиста прорвалась к Зимнему Дворцу, войскам пришлось стрелять и более ста человек погибло. Это был какой-то кошмар! Полицейские власти оказались совершенно беспомощными и не смогли предотвратить то, о чем они заранее знали.
В тот же день Царица-Мать бросила все и приехала к сыну в Царское, чтобы поддержать его в этот тяжелый момент. На своей половине Александровского Дворца она оставалась несколько дней, проводя с Сыном всё его свободное время. Потом вроде бы обстановка несколько успокоилась. Но это было затишьем перед бурей.
Благополучию Династии грозили опасности со всех сторон. В сентябре 1905 года произошло скандальное событие, чрезвычайно расстроившее Марию Федоровну и Николая II. Кузен Царя Великий князь Кирилл Владимирович тайно за границей обвенчался со своей кузиной, Принцессой Викторией-Мелитой (дочерью Альфреда и Марии Эдинбургских), которую все родственники звали «Даки».
В 1894 году она вышла замуж за владетельного Гессенского герцога Эрнста-Людвига (брата Императрицы Александры Федоровны), но через шесть лет брак фактически распался и они развелись. И вот теперь русский Великий князь, без согласия Государя, женился на разведенной. Кирилл только недавно вернулся с фронта Русско-японской войны, где, как говорили, вел себя храбро и чудом спасся после гибели броненосца «Петропавловск».
Николай II проникся к нему сочувствием и разрешил поехать отдохнуть за границу. А он нанес такой удар! Давно было известно, что Великий князь влюблен в Даки, но Император был против женитьбы. Зная это, Кирилл Владимирович уверял его в письме: «Конечно, я не пойду против Твоего желания и ясно осознаю невозможность этого брака». И вот теперь всё забыто, все обещания нарушены. Это было возмутительно! А каково её матери, герцогине Эдинбургской!