Тем не менее даже в этот период он активно размышлял на религиозные и сходные философские темы: сравнивал истину научную и религиозную, усматривал приметы божественного в любом творчестве и т. п. «Трудно жить без религии – связи с кем-то. Я в науке ищу только этой связи» (9 апреля 1916). Иногда Вавилов называл себя верующим – 13 сентября 1913 г., например, записал: «…я безусловно склонен к религии. Это я точно знаю, и я в прямом смысле, а не просто эстетически „православный“». 24 декабря 1913 г., в сочельник: «Сегодня ночью самые несчастные люди всякие атеисты, эстеты и прочие, люди, оставшиеся без праздника. ‹…› В лаборатории я должен быть атеистом, там это „conditio sine qua non est“[424], хотя и очевидно, что многие подобно мне далеко не атеисты. Я каждую минуту могу сделаться самым религиозным человеком, ханжой – и именно поэтому-то я и не атей. ‹…› …религиозной метафизики бояться не нужно. И, слава Богу, что еще не потеряна возможность быть метафизиком». Через год: «Мне даже не христианство нужно, а религия» (11 ноября 1914). И тут же: «О религии я не думаю и не знаю, религиозен я или нет» (22 февраля 1915). Но все же думает: «Быть религиозным значит убедиться в сохранении, вечности, неразрушимости себя» (30 августа 1915). 27 декабря 1915 г. Вавилов пишет, что ищет свой особенный путь между религией и материализмом. Затем вновь: «человеку нужна религия и творчество, без этого жить не стоит» (28 октября 1916). 9 ноября 1914 г. под впечатлением от смерти сестры Лиды он вспоминает: «В результате первой [смерти (младшего брата)] религиозный кризис ‹…› смерть Лиды, наверное, разовьется в полное превращение самого себя и может быть обратный религиозный кризис». 13 ноября 1914 г., опять в связи со смертью сестры, он задается вопросом: «…неужели живая, святая душа не обитала в роковом футляре [тела]? Господи, проясни, дай постигнуть душу живую и бессмертную». 18 декабря 1916 г. пишет: «Спасение в работе и творчестве, без них я обречен на погибель. Да еще нужнее Бог. Если бы Он был со мною, я простил бы эти роковые удары, этот ужас, а без Него все страшно, дико и каждое слово звучит заведомой ложью». 28 декабря 1916 г., в последних строках самой последней записи «юношеских» дневников Вавилов пишет (начало утрачено, в дневнике вырван лист): «‹…› А спасение отсюда только – Бог. Милая моя физика показалась только хитроумной игрушкой. Буду искать Бога…»