Сибиряков остался в университете вольнослушателем, а заодно прошел надомные курсы физиолога П.Ф. Лесгафта и историка В.И. Семевского. Очень много времени отдавал Иннокентий самообразованию и собиранию богатейшей библиотеки. Через 20 лет он передал Лесгафту для создания «Биологической лаборатории», естественно-научного музея и собственного печатного органа (ныне Государственная академия физической культуры имени П.Ф. Лесгафта) свой столичный дом стоимостью 150 тысяч рублей и пожертвовал своему учителю на научную и образовательную деятельность 200 тысяч рублей.

Как щедрый меценат Сибиряков стал известен еще со студенчества. Не окончив своего обучения, он уже содержал несколько десятков студентов, учившихся в университетах России и Европы. Наука и образование были «слабостью» мецената — на них он денег не жалел. На его пожертвования были построены здания для Высших женских Бестужевских курсов (сегодня они принадлежат СПбГУ) и для Первого женского медицинского института (Медицинский университет имени И.П. Павлова).

Не обходил стороной Сибиряков и литературу: обучал детей литераторов, спонсировал журналы «Слово» и «Русское богатство», издавал популярные книги по доступной для населения цене, а также произведения Л. Толстого, И. Тургенева, Г. Успенского, Ф. Решетникова.

Не забывал Сибиряков и Сибирь (недаром имел такую фамилию), во всех городах которой он устроил библиотеки и музеи, а также пожертвовал Императорскому Русскому географическому обществу средства на две крупнейшие экспедиции — Сы-Чуаньскую и Якутскую этнографическую («Сибиряковскую»). Помогал переселенцам из центральных губерний России в Сибирь и на Дальний Восток, в «голодные» 1891 — 1892 гг. закупал для голодающих хлеб и направлял в очаги инфекций санитарные отряды. На публикацию научных и познавательных книг о Сибири меценат потратил свыше 600 тысяч рублей. В числе изданных был уникальный труд Н.М. Ядринцева «Сибирь как колония», сыгравший важную роль в продвижении идей «сибирского областничества», «Историческое обозрение Сибири» в двух томах П.А. Словцова и другие.

На рубеже 1880 — 1890 гг. Сибиряков исколесил Европу, в которой сильно разочаровался, так как убедился, что западное общество живет не в терминах европейской культуры, а в рамках одной лишь торговой операции, прибыльного дела, выгодной сделки, словом — гешефта. Именно с той поры, отметили современники, Иннокентий Михайлович резко «повернулся лицом к православной духовной традиции» и стал ревностно «освобождаться» от своего богатства, как от стесняющей и грязной одежды. «Мои миллионы — это результат труда других лиц,и чувствую себя не правым, завладев их трудами», — говорил он.