Когда собрание перестало помещаться во владениях купца, Щукин возвел для него в 1895 г. двухэтажный музей. Со временем было построено еще два дома. Музейный комплекс обошелся коллекционеру в 200 тысяч рублей.

Стремясь сохранить целостность коллекции, Щукин все свое собрание (по списку — 24 тысячи предметов, а по оценке искусствоведов — не менеe 300 тысяч) вместе с постройками и обстановкой в 1905 г. безвозмездно передал Москве.

За свой дар, ставший основой филиала Исторического музея — «Отделением Императорского Российского Исторического музея имени императора Александра III — Музеем П.И. Шукина» — Петр Иванович был награжден орденом Святого Станислава II степени и чином действительного статского советника. Меценат до конца жизни оставался хранителем и попечителем музея, неся все расходы по его содержанию и пополнению коллекций.

Двери музея были распахнуты для всех. Художники историки, литераторы, филологи находили здесь все, что им было нужно. Популяризируя свое собрание, меценат на протяжении 18 лет ежедневно составлял тематические каталоги экспонатов — так называемые «Щукинские сборники» (13 сборников и книг в количестве 45 томов).

Скончался меценат 12 (25) октября 1912 г. от гнойного аппендицита. Похоронен на кладбище Покровского монастыря.

После смерти Петра Щукина все коллекции его музея перевезли в Исторический музей на Красную площадь, где они и «растворились» среди прочих собраний. «Сегодня доля „щукинских“ вещей составляет примерно 15% от всего „гимовского“ собрания, но в списках шедевров они всегда занимают первые строчки». Многие экспонаты можно встретить также в Оружейной палате, Музее искусств народов Востока, в Третьяковской галерее, в библиотеке Московской консерватории, в Исторической библиотеке... (H.В. Александрова).

Переходя к Сергею Ивановичу Щукину (1854 — 1936), стоит сразу же сказать, что он в 1912 г. выкупил у брата Петра картины импрессионистов, в том числе и «жемчужину» коллекции — «Обнаженную» О. Ренуара.

Погруженному в торговые дела фирмы Сергею Ивановичу было недосуг заниматься собирательством, но, когда ему перевалило за сорок, он тоже увлекся коллекционированием. При этом Щукин сразу же выделил для себя главное направление — новая французская живопись. В отличие от большинства других коллекционеров рубежа XIX— ХХ вв., в полотнах импрессионистов он увидел «будущее».

Не имея художественного образования и будучи дилетантом в живописи, коллекционер тем не менее безошибочно отбирал лучшее в мастерских художников. «Если, увидев картину, ты испытываешь психологический шок, — покупай ее», — был девиз Щукина.