Сибиряков начал принимать нуждающихся у себя на дому, до 300 — 400 человек в день, никого не обходя вниманием и пожертвованием — иногда в несколько сот рублей. Огромные суммы давал благотворитель и на нужды церкви. Сколько всего пожертвовал Сибиряков и кому, сегодня установить невозможно, так как часто он «творил милостыню тайно». Ближайшее окружение Сибирякова, а также некоторые политики и деятели культуры, озабоченные неумеренной ревностью «щедродателя» объявили Иннокентия Михайловича безумным, поставив ему в вину «безрассудную расточительность» и даже тот факт, что тот однажды разбил копию скульптуры М. Антокольского — бюст Мефистофеля, «изображающего торжествующего дьявола».

Капиталы миллионера арестовали, были созданы одна за другой две губернские комиссии из юристов, врачей и общественных деятелей для установления вменяемости Сибирякова, но обе они полностью оправдали капиталиста и не нашли в его деяниях ничего предосудительного. Надо сказать, что в это дело пришлось вмешаться митрополиту Палладию, обер-прокурору Святейшего синода К. Победоносцеву и даже Апександру III.

После этого Сибиряков решил оставить мир. В 1894 г. он перешел жить на подворье Свято-Андреевского скита Афонского монастыря в Петербурге под покровительство своего духовного отца иеромонаха Давида (Мухранова).

В течение двух лет Иннокентий Михайлович проходил монастырский искус и сворачивал все свои дела, жертвуя имущество и крупные суммы на строительство придела Святителя Иннокентия Иркутского в храме Александра Невского, Воскресенского скита в Никоновой бухте Валаамского монастыря, корпуса Санкт-Петербургского подворья Русского Свято-Андреевского скита на Афоне, на Православное братство во имя святителя Иннокентия Иркутского, на Углический женский Богоявленский монастырь (147 тысяч рублей) и т.д. Тогда же Сибиряков стал строить в Русском Свято-Андреевском скиту на Афоне грандиозный собор Апостола Андрея Первозванного. Ныне это самый большой православный собор, «Кремль Востока» (на 5000 прихожан), не только Святой Горы, но и в Греции и на Балканах. Позднее в скиту на пожертвования Сибирякова был выстроен четырехэтажный больничный корпус с тремя храмами.

В 1896 г. Сибиряков принял постриг в первый ангельский чин и уехал на Афон. Перед этим он пожертвовал 420 тысяч рублей на пособия и пенсии рабочим золотых приисков, подарил свою дачу в Райволо (ныне Рощино) на создание приюта для девочек от 4 до 10 лет и 40-комнатный дом с лесом в 100 га Линтульской женской общине. Все свои оставшиеся наличные средства (около 2,5 млн рублей) Иннокентий Михайлович вручил своему духовному отцу для раздачи бедным монастырям России и на богоугодные дела.