В центре внимания руководства НКВД было недопущение воинских преступлений личного состава войск НКВД путем отвода в тыл «ненадежных элементов». Отвод в тыловые части и арест лиц с изменническими настроениями были главными методами профилактической работы контрразведки «по линии» борьбы с изменой. На ряде участков фронтов сотрудники ОО не учитывали специфики воинского контингента. При анализе причин предательства «западников», перешедших на сторону противника из боевого охранения как в одиночку, так и группами, было установлено, что они в основном были земляками. И преимущественно дезертировали те, чьи семьи проживали недалеко от линии фронтов, на территории, занятой вермахтом. Поэтому командующий 9-й армией отдал приказ: всех находящихся в частях бессарабцев обезоружить и перевести в тыл. А нач. 3-го Управления НКО СССР, майор ГБ Михеев предложил: «всех лиц, призванных из западных областей УССР, БССР и Бессарабии, из кадров Красной армии изъять и направить в рабочие батальоны для использования в глубоком тылу». 16 июня 1941 г. Генеральному штабу РККА было разрешено передать в Наркомат строительства воинские части, сформированные в западных областях СССР, в количестве 35 тысяч человек[730].

На переднем крае командиры частей были обязаны посылать в разведку и боевое охранение только проверенных красноармейцев, а не тех, семьи которых находились на территории, занятой противником. После снятия с переднего края фронта и отвода в тыл продолжалась проверка лиц, вынашивавших изменнические настроения. В тех случаях, когда проверка подтверждала первоначальные подозрения, следовал арест.

Нельзя не отметить, что особенно в начале войны всякий раз низкая результативность воспитательной и профилактической работы компенсировалась карательными мерами. По мнению многих сотрудников ОО НКВД, целью повседневной и ежечасной деятельности контрразведки были гласность и неизбежность сурового наказания, призванные в максимально короткий срок воздействовать на сознание растерявшихся, но еще не совершивших губительного поступка людей.

В качестве профилактики практиковалось доведение до сведения военнослужащих вынесение приговоров военного трибунала об осуждении виновных в совершении преступлений, что на практике являлось сильным сдерживающим фактором. Своего рода профилактикой были и такие суровые меры в условиях войны, как расстрел и особенно расстрел перед строем.

Чрезвычайная обстановка требовала принятия решительных мер, и командование фронтов вынуждено было идти на принятие крайних мер. 17 сентября 1941 года Военный совет Ленинградского фронта отдал боевой приказ войскам, в котором указывалось: «Учитывая особо важное значение в обороне южной части Ленинградского рубежа Лигово, Кискино, Верхнее Койрово, Пулковских высот, района Московская Славянка, Шушары, Колпино, Военный совет Ленинградского фронта приказывает: объявить всему командному, политическому и рядовому составу, обороняющему указанный район, что за оставление без письменного приказа Военного совета фронта и армии указанного рубежа все командиры, политработники и бойцы подлежат немедленному расстрелу»[731].