В начале ноября 1941 г. сотрудники 3-го отдела Черноморского флота вскрыли и ликвидировали антисоветскую группу из числа красноармейцев, готовивших взрыв на складе № 136 и намеревавшихся дезертировать и сдаться в плен немцам. 12 ноября 1941 г. Бударев сообщил Меркулову о данных 3-го отдела Черноморского флота о выявлении среди испытателей флота антисоветской группы в количестве четырех человек во главе с призванным из запаса мл. воентехником Савкиным. Группа вела пораженческую агитацию, старалась раздобыть оружие и готовила часть рабочих завода № 201 к вооруженному выступлению против советской власти[910].

Не меньше усилий приходилось затрачивать контрразведчикам в советском тылу для ликвидации антисоветских организаций. Так, в ноябре 1941 г. 3-м Управлением ВМФ в г. Ульяновске на складе № 2003 вскрыта немецкая группа среди красноармейцев во главе с немцами Гугель и Санне, которая проводила организационную работу по сколачиванию немцев трудармии и подготавливала группу к вооруженной борьбе с советской властью в случае приближения немцев. По делу было арестовано шесть человек. 17 ноября 1941 г. зам. нач. 4 отдела УОО НКВД СССР полковой комиссар Чайковский сообщил Меркулову о ликвидации ОО УралВО контрреволюционной группы в 783 и 764 строительных батальонов из военнослужащих, призванных с территории Западной Украины. В августе 1941 г. в Харькове агентурной разработкой ликвидирована диверсионно-террористическая группа в количестве восьми человек. В числе арестованных: Андросов М.И., Пустоверов П.М., Пахомов С.Т. Во время ареста у инженера Андросова изъяты антисоветские записки и доклады, свидетельствующие о подготовке группы к встрече немцев, в том числе конспект с приветственной речью на немецком языке. 21 сентября 1941 г. зам. наркома ВД СССР Кобулов приказал зам. наркома ВД УССР, майору ГБ Ратушному принять меры по выявлению предполагаемых антисоветских формирований в г. Харькове[911].

Не остались в стороне от борьбы с органами советской власти оппозиционеры, члены революционно-демократических партий и «бывшие люди». В июне 1941 г. в г. Иванове оперативники ликвидировали агентурное дело «Фашисты» на шпионско-террористическую группу. По делу арестованы и привлечены к ответственности четыре человека во главе с Л.В. Финне, беспартийным, русским, в 1920–1924 гг. проживавшим за границей, в 1924 г. осужденным за нелегальный переход границы, административно выселенным из Ярославля. В 1920 г. вместе с белогвардейским казачьим корпусом Финне эмигрировал за границу, вступил в контрреволюционную организацию «РОВС». Был завербован английской разведкой в 1924 г., со специальным заданием переброшен на территорию Советского Союза. В 1940 г. им был завербован шофер гаража СНК М.Н. Пашковый, который разработал план совершения теракта против руководителей ВКП (б) и дал свое согласие быть исполнителем этого теракта.