Особый интерес органов госбезопасности был проявлен к борьбе с различными антисоветскими организациями и группами в прифронтовой полосе и в тылу. При этом особое беспокойство вызывали изменические и созданные для шпионажа, террора и диверсий группы пронацистски настроенных лиц. Они представляли серьезную опасность для Красной армии и Военно-Морского флота. Так, в ноябре 1941 г. в одной из войсковых частей была раскрыта контрреволюционная группа из 11 человек во главе с З. Агмаровым. Под видом политинформации в ней проводились нелегальные собрания с участием всех членов группы, на которых восхвалялась немецкая армия и техника, предрекалась неизбежность поражения советской власти. Перед членами группы ставились следующие задачи: создавать среди красноармейцев контрреволюционные группы, увеличивая их состав из числа недовольных властью; организовывать вооруженное дезертирство и при побеге из части над комсоставом совершать теракты; после побега заниматься вооруженным бандитизмом и грабежами. Банда Агамарова после дезертирства имела вооруженные столкновения, но вскоре большая ее часть была арестована.

О работе военной контрразведки свидетельствуют данные 1941 г. по Балтийскому и Черноморскому флотам. УОО НКВД обратило внимание всех нач. 3-х отделов и отделений флотов и флотилий на то, что было вскрыто и ликвидировано несколько профашистских и антисоветских групп среди нового пополнения из выходцев Западной Украины, Западной Белоруссии, Молдавии, Эстонии, Латвии, а также немцев, призванных на фронт из районов Украины и Поволжья[909].

В докладной записке нач. ОО НКВД Северного фронта П.Т. Куприна члену Главного Военного совета Северо-Западного направления А.А. Жданову сообщалось о ликвидации 3-м отделом КБФ на территории Эстонской ССР ряда шпионских и контрреволюционных организаций. Эти организации создавали в тылу Красной армии бандитские отряды и диверсионные группы; собирали шпионские сведения о дислокации частей, складов и бензохранилищ и передавали нацистам; совершали террористические акты над военнослужащими, коммунистами и ответственными работниками советских учреждений. Агентурно-следственным путем было установлено, что немцы, заняв отдельные районы Эстонии, сразу же приступили к созданию нацистских организаций – дружин «самозащиты».

В октябре 1941 г. в учебном отряде КБФ была разоблачена нацистская группа, идейным вдохновителем которой являлся Карасев. Он проводил нацистскую пропаганду среди учебной группы и выдвинул в качестве программной установки необходимость борьбы за примирение с фашизмом. При аресте у Карасева была обнаружена калька с планом обороны городского участка г. Кронштадта. 31 октября 1941 г. врид нач. 3-го управления ВМФ СССР, дивизионный комиссар Бударев сообщил Меркулову о проведении оперативных мероприятий и следствия по делу вскрытой на крейсере «Коминтерн» антисоветской организации из рядового состава, подготовлявшей захват судна при помощи мятежа и увода его в Турцию или Болгарию для сдачи в плен немцам.