В июле 1941 г. раскрыта контрреволюционная группа правых (бухаринцев) из трех человек среди командного состава Северного государственного морского пароходства. С 1939 г. ею руководил бывший депутат Верховного Совета СССР С.С. Пестов. Организация ставила своей целью изменение политического строя и восстановление капиталистических отношений в Советском Союзе. На своих собраниях члены группы обсуждали вопросы связи с правотроцкистской оппозицией и высказывали террористические намерения в отношении руководства ВКП (б) и Советского правительства. А после нападения на СССР вели пораженческую деятельность, утверждая, что успехи немцев на фронте вызовут волнения в тылу СССР, чем они намерены воспользоваться и помочь им. В Ленинграде в декабре 1941 г. ликвидирована группа, именовавшая себя «Русская партия». Ее создал и возглавил бывший троцкист Маркин, который служил на должности нач. военно-полевой части 55-й армии. Он вовлек в свою группу несколько врачей, которые, в свою очередь, стали вербовать единомышленников среди интеллигенции. Девять участников группы были приговорены к расстрелу. Троцкисты, осевшие по месту ссылки или по отбытию наказания в восточных районах страны, стали проявлять тенденцию к объединению. В ряде мест они расценили сложившееся положение на фронтах как начало «неизбежного поражения Советского Союза» и предприняли попытки к образованию организаций с программными установками.

О ряде мер, принимаемых органами госбезопасности в борьбе с подрывными элементам, можно судить по распоряжению Кобулова после получения письма на его имя 21 сентября 1941 г. от майора ГБ Ратушного. Зам. наркома ВД УССР сообщил, что в г. Харькове существуют антисоветские формирования, связанные с немецкой разведкой, которые вели работу по линии организации саботажа, диверсий, всевозможных волынок и беспорядков, направленных к срыву выполнения военных заказов на оборонных предприятиях. Они также занимались пораженческой агитацией под лозунгом «Мир любой ценой» и призывали к повстанческим действиям против советского государства. Кобулов предложил Ратушному для перепроверки этих данных, вскрытия антисоветских групп и их враждебной деятельности весь оперативный учет по бывшим троцкистам, правым эсерам, меньшевикам и монархистским элементам; направить усилия сотрудников на лиц, проходящих по подозрению в диверсии и шпионажу; командировать в УНКВД областей оперативные группы для изучения всех материалов, имеющихся в распоряжении НКВД по антисоветской деятельности.

Советскими органами госбезопасности были приняты своевременные меры к пресечению попыток агентуры противника и антисоветских элементов оказать воздействие на молодежь, втянув ее в антисоветскую работу. Деятельность антисоветских элементов среди молодежи пресекалась оперативным влиянием, а в отдельных случаях профилактическими мероприятиями органов НКВД. Разведка противника и враждебные элементы стремились учитывать то, что в период войны роль молодежи значительно возросла, и пытались всеми средствами расширить свое влияние на политически неустойчивых молодых людей для подрывной работы против советской власти и Красной армии. За время войны органами госбезопасности за антисоветскую деятельность из числа студенческой, учащейся и неорганизованной части молодежи были арестованы 17 006 человек (4 % от общего количества арестованных по СССР), в том числе за июнь-декабрь 1941 г. из числа молодежи – 1911 человек, вскрыты 102 антисоветские группы с 388 участниками.