Несмотря на сенсационные обвинения, выдвинутые Айзенштатом, его иску так и не суждено было дойти до рассмотрения в суде. После того как назначенный судом посредник не сумел урегулировать конфликт между сторонами путем переговоров, Apple в частном порядке договорилась с Айзенштатом о прекращении процесса за солидные отступные. Размер суммы остался в тайне, сам Айзенштат сказал только, что она не ниже стандартного выходного пособия для руководителя его уровня. 19 ноября 1993 года дело было прекращено. В конечном счете Эл Айзенштат отправился на покой даже без традиционного "прощального" банкета. Примерно в то же самое время в поисках лучшей доли покинул Apple и Джон Скалли.

После того, как в июне 1993 года совет директоров сместил его с поста главного управляющего, Джон Скалли превратился в свадебного генерала. Хотя номинально он оставался главой Apple, Шпиндлер предупредил Джона, что ему не стоит ни во что вмешиваться; ему разрешалось говорить публично только о "Ньютоне". Уже через неделю после смещения он почувствовал, какой ущерб нанесен его авторитету: поток людей, ежедневно искавших консультаций в аппарате помощников Скалли, очень быстро иссяк. "В первую неделю все были очень любезны и предупредительны с нами,— вспоминал один из помощников Скалли.— А затем наступили месяцы безделья. Шпиндлер даже не заглядывал в документы, которые мы ему посылали".

В конце лета Скалли вернулся из двухмесячного отпуска, и в Apple сразу поползли слухи о том, что Шпиндлер планирует в январе следующего года сместить его и с поста председателя корпорации. Стремясь опередить новый удар Шпиндлера, 15 октября 1993 года Скалли сам подал в отставку. До конца года пост президента Apple вынужден был занять Майк Марккула, он сделал это на правах старшего вице-президента. Отказавшись от торжественных проводов и не устраивая прощальной вечеринки, Джон Скалли в последний раз тихо прошел по коридорам штаб-квартиры Apple Computer и навсегда закрыл за собой дверь.

"Джон ушел так,— вспоминает Кевин Салливен,— словно его никогда здесь и не было".

Впрочем, Скалли ушел совсем не с пустыми руками. В соответствии с условиями соглашения Apple назначила Скалли более чем солидную компенсацию: примерно 10 млн. дол., куда вошли годовое жалование в 1 млн. дол., 750 тыс. дол. в качестве гонорара за консультации (те, которые он давал службам компании уже после исключения его фамилии из платежной ведомости), немедленную выдачу опциона на акции компании на 2,4 млн. дол. сверх контракта, а также выкуп его дома в Вудсайде и "Лирджета" за 4 млн. и 2 млн. дол. соответственно. Неплохое лекарство, чтобы заглушить боль от расставания с родной компанией.