В том же году сообщено было из-за границы, что Бакунин, вместе с другими, назначен был от Польского центрального комитета в Валахию для произведения возмущения в тех местах, которые были ближе к театру действий мятежника Бема.
Бакунин находился, наконец, в числе дрезденских мятежников: но был арестован и по решению Дрезденского суда приговорен к смертной казни. Приговор этот Его Величество Король Саксонский заменил пожизненным заключением в смирительном доме. Но потом, по соглашению правительств саксонского и австрийского, Бакунин был передан сему последнему для суждения его в Австрии по случаю оказавшегося сильного участия и руководства его в демагогических интригах, происходивших в Богемии и особенно в г. Праге весною 1849 года.
При производстве дела о нем в Праге он сознался, что целью политической его деятельности с 1847 года было восстановление Польши и освобождение России, относительно же Австрии он имел в виду соединение тамошних славян с маджарами и немцами для достижения совершенного разрушения составленной из столь различных наций Австрийской империи, которой существование нельзя согласить, по его мнению, с мыслью о свободе.
Учрежденный над ним суд приговорил его и там к смертной казни, но это заменено было пожизненным заключением.
В 1851 году Бакунин был передан австрийским правительством в Россию и по Высочайшему повелению заключен в Алексеевский равелин.
Здесь он после свидания с генерал-адъютантом князем Орловым написал письмо к Государю Императору.
В письме этом (в копии при сем представляемом) он, открывая все свои преступления и сознавая важность их, представил Его Величеству, что смертную казнь он принял бы с радостью, как наказание достойное, но так как казнь эта в России не существует, то он считал бы милостью для себя ссылку в Сибирь – только бы не оставлять его в заточении. Другая его просьба была о дозволении видеться с отцом и сестрою.
Его Величество, найдя письмо Бакунина заслуживающим внимания и весьма любопытным и поучительным, изволил передать оное для прочтения царствующему ныне Государю Императору и Всемилостивейше разрешил Бакунину видеться с его родными.
В 1854 году, по случаю тогдашних военных событий, Бакунин по Высочайшему повелению переведен был из Алексеевского равелина в Шлиссельбургскую крепость, где и ныне находится.
В мае сего года тайный советник Толстой сообщал, что иностранные газеты распространяют слух о получении Бакуниным всемилостивейшего прощения и что это возбуждает беспокойство в приверженцах порядка. На это было сообщено тайному советнику Толстому, что в III Отделении о помиловании Бакунина никаких сведений не было.