К чести ученого старца нужно отметить, что такое обострение обстановки, очевидное унижение его сановных врагов в глазах народа не доставляли ему удовольствия. Наилучшим выходом он считал свое временное удаление из столицы, пока страсти, поднятые авантюрой „мудроборцев", не поутихнут. Жизнь в дальнем монастыре и работа над книгами устраивали Сильвестра значительно больше, чем возможность досаждать патриарху. Верховные власти думали иначе. Царевна Софья, к которой Медведев вынужден был обратиться с просьбой о выезде из Москвы, повелела ему остаться. „До тех пор, пока в правительстве будет князь Голицын, со службы тебя не отпущу", - заявила царевна, втайне радовавшаяся всему, что огорчало Иоакима. Это был приказ, которого Сильвестр не мог ослушаться, хотя и понимал, что царевна не только не защитит его в трудную минуту, но и спокойно принесет в жертву, если это окажется для нее выгодно (например, если патриарх в обмен на голову ученого согласится ее короновать).
У патриарха оставалось последнее средство: он самолично выступил против Медведева, клеймя и понося его в своих проповедях. Поединок пошел в открытую, поскольку Медведев поднял перчатку и на каждую очередную инвективу отвечал в своих сочинениях и выступлениях перед народом. „И еще более народ смущал и прельщал", - признавали свое поражение „мудроборцы". „Святейший же патриарх, видя его, Сильвестра, что не покоряется… и народ еще более смущает, предал его за такой мятеж анафеме вместе с писаниями его". Гром грянул, однако случилось то, что должны были бы предвидеть архиереи российской церкви. Авторитет патриархата пал настолько низко, что провозглашенное им отлучение Медведева от церкви не заставило верующих отшатнуться от просветителя, но лишь подчеркнуло в их глазах неправоту духовных властей. Не Сильвестр оказывался вне церкви, а „мудроборцы" во главе с патриархом отлучали себя от сообщества истинно верующих россиян. „Он же, Сильвестр… в ничто бывшую на него анафему вмени" [38].
В столице Российского государства сложилась невиданная еще ситуация: разум не только теоретически доказывал свои права, но и практически противостоял духовной власти. Большинство с радостью, меньшинство с ужасом убеждалось, что свободная человеческая мысль может быть сильнее приказов и авторитетов. „Мудроборцы" верно подметили особенность „смятения народного" по вопросу пресуществления: возбужденные сознанием, что воспринятые ими доказательства сильнее всяческих приказаний, массы людей повсеместно рассуждали и испытывали, то есть исследовали вопрос. Недаром мужчины, женщины и даже дети повсеместно и в любое время заводили разговор о евхаристии. Люди наслаждались тем, что не только получили право, но и действительно могут мыслить, здраво разбираться в наименее, казалось бы, доступной смертному области богословия, могут не присоединяться к какой-либо группе или мнению, но самолично участвовать в процессе отыскания истины. Стремясь укрепить веру, очистив ее от волюнтаристских искажений, Сильвестр Медведев помогал россиянам обрести веру в себя, в человеческий разум и достоинство. В этом смысле - надо опять отдать должное проницательности „мудроборцев" - его литературная деятельность действительно создавала угрозу основам существующей светской и духовной власти. Опасный философ должен был быть уничтожен соединенными силами властей.