С Сильвестром, который по непонятным следователям причинам считал правду важнее власти и даже жизни (причем, надо особо подчеркнуть, собственной, а не чужой жизни), бороться было гораздо сложнее. Если бы Медведев, прибегая к уверткам, старался хитроумно обелить себя, его можно было бы запутать во множестве разных показаний, используя известный издревле арсенал методов допроса. Однако он, как назло, упорно говорил правду, а это не соответствовало целям следствия.
На обвинение в „заговоре" против царя и его семьи Медведев сказал попросту, что „на государское здоровье и о возмущении святой церкви Федька-де Шакловитый (уменьшительные написания имен - на совести составителей протоколов) о государском здоровье и о убийстве никаких слов ему не говорил". Был лишь один случай, когда группа приближенных Шакловитого пришла к Сильвестру за советом: люди были испуганы приказом временщика „тайно в ночи убить" Л. К. Нарышкина, Б. А. Голицына и других „петровцев". Сильвестр ответил им ясно: „Если вы так сделаете - пропадете вместе с Федором и здесь, и в вечные времена душами". Если вы, подчеркнул Медведев, хотите передать мои слова Шакловитому - говорите, я готов повторить их ему в лицо. Поскольку приближенные Шакловитого боялись возвращаться с таким ответом к хозяину, „потому что за то непослушание боятся они смерти", Сильвестр посоветовал им сказать временщику, что одним им такого большого дела не осилить, а говорить иным они о том не смеют: „Говорил бы он им сам".
"А если то дело им и учинить - и им всем пропасть, - заметил Медведев.и пояснил: - Он, Федька, в то время отопрется и их всех напрасно погубит!" Что ж, психология власть имущих была Сильвестру достаточно известна. Сам Шакловитый наверняка схватил бы убийц и казнил, да еще прославился бы своей справедливостью, убрав одновременно политических соперников. Как бы то ни было, Медведев сорвал этот кровавый замысел. Дважды он беседовал с кандидатами в тайные убийцы и заставил их отказать Шакловитому.
Шакловитый, по словам Сильвестра, действительно часто жаловался на царицу Наталию Кирилловну Нарышкину и ее советника боярина Льва Кирилловича Нарышкина, считая, что без них бы у Софьи с царем Петром все „было советно", но замыслов на жизнь матери царя никогда с Медведевым не обсуждал. Между прочим, просветитель указывал Шакловитому, что „кто кому чего желает - тот сам от Бога то же примет". Из показаний Медведева совершенно ясно вытекало, что он в принципе не мог быть участником „заговора", будучи противником насильственных средств в политике вообще. Видимо, это поняли даже следователи, которые не слишком настойчиво расспрашивали других „заговорщиков" об участии Медведева в каких-то тайных планах. Ни на допросах, ни на пытках никаких „улик" против Сильвестра в этом отношении так и не обнаружилось.