Сама доставка Медведева на розыск была, по-видимому, обставлена как торжественное шествие. Конные стрельцы четырех полков (их различали по цвету кафтанов и патронташей-бандалеров) скакали впереди и позади обоза из нескольких телег, возле которых шагали проводники, пешие солдаты и стрельцы с дымящими фитилями мушкетами на плечах. Не только Медведев, но и все его спутники были „украшены" тяжелыми цепями, являя собой свидетельство многочисленности злокозненных „изменников", покусившихся на царство.

24 сентября 1689 года в Троице-Сергиеве монастыре начался розыск и суд над Сильвестром Медведевым, „вина" которого была уже всенародно объявлена. Оставалась мелочь - испытанными способами получить „признание" обвиняемого и письменно оформить ему приговор. При этом, однако, возникли некоторые трудности. Прежде всего, основное обвинение, будто Медведев хотел убить патриарха Иоакима, повисло в воздухе. Оно было выдвинуто 30 августа одним из наемных доносчиков - капитаном Филиппом Сапоговым - и обращено прежде всего на Ф. Л. Шакловитого. Другой доносчик, Иван Муромцев, в связи с „заговором" на жизнь патриарха имени Сильвестра вообще не упоминал. На допросе и очных ставках Шакловитый категорически отрицал вину Медведева. Не удалось вырвать показаний на Сильвестра и зверскими пытками Шакловитого с товарищами.

Это незначительное упущение следователи исправили очень просто. Они вставили недоказанное, более того, полностью отрицаемое подследственными обвинение против Сильвестра в „статейный список" (свод обвинительных заключений) Шакловитого с товарищами. Следователи и судьи просто сделали вид, что это обвинение не вызывает никаких сомнений. Только после того, как Шакловитый был казнен, они спохватились, что, слишком тесно связывая Медведева с Иоакимом, оказывают патриарху медвежью услугу: ведь приговоры писались для широкого объявления, а народу было хорошо известно, что именно патриарх охотился на Сильвестра! Источник обвинения был слишком явен. Следственной комиссии пришлось опять напрячься, чтобы обвинить Медведева как-то получше.

Кровавой фантазии следователям было не занимать, поэтому они не затруднились начать дело против Медведева с обвинения в покушении на „здоровье" царя Петра и членов царской семьи. Шакловитый под пыткой „признался" во всех этих замыслах, хотя непохоже, что рухнувший с высот власти временщик был совершенно сломлен: он не подтверждал вины тех своих товарищей, которые не „признавали" свою вину сами. Сравнительная легкость „признания" Шакловитого вытекала из его психологии государственного деятеля, игравшего по тем же правилам, что и его противники. Федор Леонтьевич потерпел поражение и пощады не ждал. Зачем ему было принимать лишние муки? Если бы победил он и его неприятели из непонятного упорства не „признавались" бы в заговоре (скажем, на жизнь царя Ивана и царевны Софьи), неужели он не сочинил бы за них достаточно выразительных „признаний"? Хорошо еще, что Шакловитый не потянул с собой в могилу других людей и не пытался отдалить смерть, оговаривая невинных.