Следом за дутым обвинением в „заговоре" на допросе Медведева 24 сентября „выявился" пласт обвинений, не фигурировавших в изветах и показаниях других лиц. Нетрудно убедиться, что обвинения эти были услужливо предложены следственной комиссии обеспокоенным за скорейшее осуждение „злодея" патриархатом. Сильвестру пришлось отвечать, что „церкви святой никаким смущением он не смущал". „Доказательством" его вины служил памфлет Афанасия Иоаннова. Медведев сказал, что знаком с этими „тетрадками", заказал писцам две копии с них лично для себя и хранит в своей келье. Ничего против патриарха в этом сочинении нет - оно написано против приезжих греков.
Следственная комиссия требовала от Медведева признания, что он участвовал в „умысле" на патриарха, „чтоб его убить или переменить". Здесь тоже фигурировало „доказательство" его „злодейских замыслов" - „Книга о манне хлеба животного". Но эта книга отнюдь не тайная и не злоумышленная, отвечал Сильвестр, о ней не докладывалось патриарху, поскольку сочинение написано по указу царевны Софьи, которой и поднесено за подписью автора [43]. Следователи и здесь не смогли найти криминала. Пришлось возвращаться к извету Филиппа Сапогова, ничем, как мы помним, не подкрепленному. Медведев опроверг измышление платного доносчика на допросе, не помогла розыскной комиссии и очная ставка: ведь Филипп утверждал, что Сильвестр сам ни с того ни с сего рассказал ему, „что он, Селивер-стко, с Федькою Шакловитым святейшего патриарха убить умышляли"! Вино у меня Филипп пил, сказал Сильвестр, но о таком фантастическом замысле я ни с кем не говорил - тем более зачем бы стал говорить подобное изветчику?!
Извет Сапогова особенно нравился следственной комиссии тем, что позволял представить Заиконоспасский монастырь, где во время полемики о пресуществлении собиралось много людей, как некое „гнездилище заговорщиков". Захаживали туда и многие из обвиняемых. К великому огорчению следователей, Медведев спокойно и непротиворечиво объяснил, с кем и на какой почве он был знаком, о чем у них шли речи (в том числе рассказывал о работе с Шакловитым над рацеями). Обвиняемый дал понять, что никоим образом не виноват в том, что люди не хотели позволить патриарху его тайно сослать; сам он, как известно, давно отпрашивался из Москвы в Соловецкий или Пустозерский монастырь. Со многими из приходивших „опасать его от святейшего патриарха" Сильвестр никогда даже не говорил.
Обвинения рассыпались одно за другим, но розыскная комиссия не сдавалась. В дело могла пригодиться любая мелочь, любое слово, „вычесанное" из груды показаний. Например, комиссию интересовало, говорил ли Сильвестр стрельцу Демке Лаврентьеву во время августовского 1689 года „смятения": „Молитесь Богу, чтоб Бог дал утишение"? Да, говорил, отвечал Медведев, удивляясь, что в этих словах могло заинтересовать следствие, где тут крамола? Крамолу, разумеется, можно было найти во всем.