- Про него, Сильвестра, старец Арсений сказал, что он, Сильвестр, говорил про святейшего патриарха, что он учился мало и речей богословских не знает. И он, Сильвестр, для чего такие непристойные слова про него, святейшего патриарха, говорил?

Далее из слов Арсения комиссия сделала вывод, „что у Сильвестра противность церкви и святейшему патриарху. А какая противность, про то ведает он, Сильвестр?"

Все вопросные статьи были состряпаны грубо, примитивно. Содержащиеся в них обвинения столь тонкий полемист, как Медведев, вполне мог опровергнуть. Но розыскная комиссия упирала не на логику, а на хорошо проверенное и знакомое ей средство - на пытку.

Пытка в Российском государстве конца XVII века внешне уступала чудовищным изобретениям церковных и светских властей Западной Европы. Отечественный застенок был лишен большей части технических приспособлений, удовлетворявших садистским наклонностям инквизиторов и их протестантских коллег. В хорошо звукоизолированном каменном помещении-под-клете к потолку был подвешен блок с веревками, которыми обвязывали закрученные назад руки пытаемого. За кисти рук несчастного поднимали к потолку - вешали на дыбу. Между связанных ног ему продевали бревно, на которое палач прыгал, чтобы руки пытаемого вышли из плечевых суставов и он оказался растянут между полом и потолком. Затем, по указаниям ведущего допрос, специальный мастер заплечных дел брал в руки плетеный кнут из полос жесткой кожи, иногда для большей эффективности усаженный металлическими остриями. Удар наносился так, чтобы кнут-длинник обвился вокруг тела и содрал широкую полосу кожи до мяса и костей. Кроме того, пытаемого можно было жечь огнем или прикладывать к его телу кусок раскаленного на углях металла, но эти дополнительные средства обычно оказывались излишними. Подозреваемые часто „признавались" уже при виде кнута и дыбы (это называлось „расспросом у пытки"). Мало кто из сильных и привычных к опасностям людей, имевших раны в боях с турками и татарами (а такие были среди подвергнутых розыску 1689 года), продолжал отрицать возводимые на них обвинения после пяти или десяти ударов длинником. Во время пытки на дыбе 30 сентября Медведеву было дано 15 ударов. Согласно церковному источнику, его также жгли огнем. В отличие от своих собратий по несчастью истерзанный и залитый кровью Сильвестр не только не „повинился", но и опроверг все возведенные на него обвинения. Разъяренные следователи, ужесточая пытку, придумали по ходу дела еще одно обвинение - будто бы у ученого старца хранилась книга „от тайных дел" (вероятно, из приказа Тайных дел, где он когда-то служил). „Такой книги у меня не бывало", - стоял на своем Сильвестр. Ничего не добившись, палачи бросили Медведева в камеру, но в тот же день снова поволокли его к пытке. На этот раз на дыбе висел старый знакомый Медведева, стрелецкий пятидесятник Никита Гладкий, и после 10 ударов кнута „винился". На Сильвестра он показал, что тот давал ему и нескольким другим стрельцам деньги. Мастера заплечных дел хотели сделать на этом новое обвинение против Медведева, надеясь, что воля ученого ослабла.