Таково оказалось единственное из обвинений против Медведева, которое розыскная комиссия дала себе труд проверить. Вообще при чтении следственного дела Медведева складывается впечатление, что оно стряпалось не политическими деятелями, а канцеляристами-крючкотворами, подбиравшими отдельные словечки, но плохо разбиравшимися в государственной кухне. Это вполне возможно, поскольку расправившись с Шакловитым и Голицыными, участники переворота должны были переключить свое внимание на дележку власти, а подарить обещанную патриарху голову Медведева могли поручить мелкой сошке, не всегда знавшей, что делать со „спущенными" указаниями.

Например, Медведева долго расспрашивали о его отношениях с пограничным воеводой и государственным деятелем боярином Леонтием Романовичем Неплюевым. Сильвестр ответил, что они давние знакомые, но встречались нечасто, и объяснил, что речь шла о письмах от православного духовенства в Польше. Розыскная комиссия узнала, что Медведев был против вечного мира с Речью Посполитой и начала большой войны с Крымом, потому что он, как и его корреспонденты, считал скорую победу над Крымом невозможной, думал, что война ослабит Россию и тем будет выгодна полякам. Неплюев спорил с Сильвестром, говорил, что „Крым возьмем вскоре", а Голицын, которому Леонтий Романович передал мнение „ученого старца", гневался на Медведева. Слова свои подследственный мог подтвердить перепиской, но комиссия этим не заинтересовалась: во-первых, мнение Медведева совпадало с мнением многих сторонников Петра (например, Б. А. Голицына), во-вторых, непонятно было вообще, что делать с этими показаниями. Неплюев был сослан вслед за Голицыными, вот только за что? Когда обеспокоенные скоропостижными наказаниями высокопоставленных лиц бояре обратились за разъяснениями к самому тестю царя Петра боярину П. А. Лопухину, тот пополнил закрома российского черного юмора таким перлом: „Явной его, Леонтия, вины вы не ведаете, а тайной вины и мы не ведаем!"

Как бы то ни было, при всем старании розыскной комиссии быстро состряпать дело о злокозненных, преступных замыслах и деяниях Медведева не удалось. Писатель умело и твердо отверг все обвинения и обошел десятки приготовленных для него капканов. Это никак не могло удовлетворить патриарха. Ознакомившись с протоколом допроса, Иоаким немедленно послал своему казначею Паисию Сийскому указ разобрать ранее опечатанные бумаги Медведева на разных языках - и буде их немного, прислать все в Троицу, а „буде тех писем многое число, и ты бы с книгопечатного двора игуменом Сергием и монахом Иовом, который учится в греческой школе, все, что есть, пересмотрели - и которые письма явятся приличные к обличению воровства и злоначинательства строителя Селивестра Медведева… и такие письма отобрать особо и… прислать к святейшему патриарху в поход… тотчас!" [45]. Такой приказ проще было отдать, чем исполнить, - ведь у Медведева в келье даже на глаз было более тысячи книг и огромное количество рукописей, в том числе писем на разных языках46. Иоаким получил желаемое только к 30-му числу. Работа была выполнена спустя рукава: уж на что подозрительно выглядела заграничная переписка, о которой упоминал сам Сильвестр, и ту патриаршие грамотеи не выделили! Похоже, они вообще не утруждали себя чтением и взяли только то, что бросалось в глаза: печатные картинки, немецкое письмо с голландской подписью и русское письмо со списком каких-то стрельцов. Патриарх в свою очередь поверил своим людям и представил все эти вещи как явное доказательство изменных замыслов Медведева.