30 сентября по присланным материалам Медведеву был устроен допрос - и вновь заплечных дел мастерам не удалось обнаружить в действиях Сильвестра криминала. Медведев подробно рассказал об истории создания политических гравюр в России и за границей „к похвале великой государыне" царевне Софье. Проверяя его слова, розыскная комиссия провела множество допросов причастных к этому делу людей, выяснила все в подробностях. Но результат свидетельствовал против обвинения - он подтверждал, что Медведев совещался с Шакловитым действительно „о рацеях" (подписях к гравюрам, в которых не было ничего предосудительного), а не о политических убийствах, как хотелось доказать следствию. „Не сработали" и письма. Медведев сказал, что „не ведает", как они у него объявились. Список стрельцов не включал фамилий лиц, привлеченных к розыску, а письмо голландского купца розыскная комиссия оказалась не в силах перевести.

Ретивость в изобретении обвинений против ученого старца проявлял не только патриарх. Пришедшие к власти политиканы отрабатывали долг перед Иоакимом добросовестно и со своей стороны подготовили к 30-му числу подробнейшие „вопросные статьи", буквально высасывая из изветов и допросов все, что мало-мальски годилось для обвинения в „измене". Например, из истории с юродивым Ивашкой, присланным Шакловитым для освидетельствования к Медведеву, розыскная комиссия вынесла такой вопрос: „И тот юродивый не раскольник ли, и не для какого ли воровства, умысла и раскола его Федька присылал?" На допросе Сильвестр рассказывал о „смятении" в Москве (подстроенном „петровцами", о чем обвиняемый не знал), в том числе о событиях, о которых только слышал. А почему Медведеву рассказывали об этом „и ему… до того какое дело?" - интересовалась комиссия. Медведев упоминал о совершенно нелепом доносе патриарха царевне Софье, когда хотел объяснить, почему уже давно собирался удалиться в дальний монастырь. Комиссия из этих слов сделала вопрос: „На Дон Селиверстко к казакам писем о возмущении каких не посылал ли?"

Не брезговали следователи и передергиванием, прямым искажением смысла слов свидетелей. Келейник Медведева старец Арсений говорил, что у Сильвестра „умысла… никакого на государское здоровье не слыхал", „а о церкви божией он, Сильвестр, говорил многократно: напрасно-де смутили душу святейшего патриарха приезжие греки; а он, святейший, человек бодрый и добрый, а учился мало и речей богословских не знает" (иными словами, не виноват в ошибке с евхаристией). Арсений особо подчеркнул, что „на святейшего патриарха умысла никакого не бывало и не слыхал". А вот как звучал составленный розыскной комиссией вопрос Медведеву: