Кроме того, с 1937 года приобрело размах изготовление оружия в ишуве. Производились ручные и винтовочные гранаты, взрывчатка. В Тель-Авиве делали минометы. В 1941 году наладили изготовление патронов. К началу Второй мировой войны на вооружении Хаганы имелось 6 тысяч винтовок, 400 автоматов, станковые пулеметы, минометы собственного производства и 24 тысячи гранат — это все было нелегальное оружие. В сочетании с легальным, английским, оно составляло уже определенную силу.

События арабского мятежа поставили задачу повышения боевой эффективности Хаганы, координации ее действий с легальными подразделениями и их подчинения единому руководству. Был назначен глава Центрального командования Хаганы. Для этой должности Бен-Гурион выбрал Йохана Ратнера, командира, имевшего военное образование и боевой опыт. В 1938 году в Центральное командование были включены два бывших австрийских офицера — капитан Рафаэль Лев и Зигмунд фон Фридман (Эйтан Ависар), бывший сотрудник австрийского Министерства обороны. Они создали оперативную службу в штабе Хаганы. Яаков Дори возглавил службу подготовки командиров секторов и районов, на которые была разбита страна. Эти люди через десять лет стали командирами армии Израиля.

В результате арабского восстания англичане были вынуждены признать право евреев на свои легальные вооруженные формирования. К зиме 1939 года они насчитывали 14 тысяч человек, разбитых на 10 батальонов и 60 подвижных патрулей, которые официально просуществовали еще 9 лет, при создании армии Израиля влились в нее и были активными участниками Войны за независимость. Благодаря этим подразделениям и бойцам, имевшим опыт борьбы с намного превосходящими по численности арабами, в значительной мере и выстоял Израиль в войне с армиями пяти арабских государств.

Выход в 1939 году так называемой «Белой книги», ограничивавшей приток легальных эмигрантов, вынудил руководство ишува к содействию нелегальной эмиграции, в котором Хагана приняла самое деятельное участие. В основном для этой цели началось формирование специальных подразделений, куда отбирали лучших бойцов и готовили по программе «коммандос» разведчиков-диверсантов. Они были разбиты на группы минеров-подрывников, морских и сухопутных диверсантов и на контрразведывательные подразделения.

Руководил этими спецназовцами Ицхак Садэ. Они совершали карательные акции против арабских террористов, но также и против британских властей, противившихся алие.

Наконец, был в определенной мере решен вопрос единоначалия на всех уровнях Хаганы. В сентябре 1939 года был создан Генеральный штаб во главе с Яаковом Достровским (Дори). В нем были отделы: организационный — начальник Фридман, тренировочный — Лев, технический — Иерушалайми, контрольный — Авнер.