С началом Второй мировой войны Бен-Гурион приказал прекратить борьбу с англичанами, но они по-прежнему стремились уничтожить Хагану и сотрудничать с ней начали только тогда, когда фронт приблизился к Палестине. Однако в 1943 году англичане снова возобновили конфронтацию.

В 1941 году Центральное командование Хаганы возглавил Моше Клейнбойм. Согласно уставу, Хагана состояла из трех основных формирований: полевых частей — для активной обороны и специальных операций, укомплектованных молодыми людьми, разбитыми на батальоны и роты. Затем шли сторожевые части, укомплектованные мужчинами до 40 лет и женщинами до 35. Все остальные входили в народное ополчение.

Впоследствии были созданы особые батальоны Палмах (аббревиатура слов «ударные отряды») — лучшие силы Хаганы. Генштаб отработал план обороны ишува. Был создан отдел контрразведки, а в 1940 году начала работать информационная служба, ставшая разведотделом Хаганы. Ее возглавил Шаул Мееров (Авигур), затем — Исраэль Заблудовский. Были организованы курсы командиров, которые успели до Войны за независимость окончить 800 человек — костяк командного состава израильской армии.

В то время служба в Хагане была добровольной для любого еврея или еврейки. Однако вступивший в нее обязан был выполнять приказы и соблюдать конспирацию. Он принимал присягу, в которой обязывался всю жизнь быть в распоряжении Хаганы, «отдать все силы и даже пожертвовать жизнью в борьбе за мой народ и мою Родину, за свободу Израиля и освобождение Сиона».

В сторожевых частях Хаганы насчитывалось до 30 тыс. человек — 80 % ее общей численности, из них 24 тыс. — в сельской местности, где служил почти каждый, способный носить оружие. Кроме того, Хагана создала ряд молодежных военизированных организаций, в которых насчитывалось более 12 тысяч юношей в возрасте до 18 лет.

Важнейшее значение имели полевые части, предназначенные для мобильных действий. Их личный состав усиленно готовился к войне, но в связи с мобилизацией в британскую армию к концу мировой войны эти части насчитывали всего 4600 человек — почти в два раза меньше штата. Ядром полевых частей была полиция еврейских поселений — 2500 бойцов с хорошим оружием в 12 батальонах.

Ядром самой Хаганы был Палмах — настоящие регулярные войска, находившиеся в постоянной боевой готовности и проходившие повседневное обучение. Ими командовал Ицхак Сада. Первыми двумя ротами Палмаха командовали Моше Даян и Игал Аллон. Эти роты совместно с англичанами участвовали в диверсионной акции в Сирии, где Моше Даян в одном из боев лишился глаза. Затем была сформирована бригада Палмаха в составе 9 рот, которые обещали вооружить англичане, но они впоследствии от этого отказались, что привело к диверсии, когда в марте 1943 года взвод Палмаха ворвался в военную школу и вывез со склада 230 винтовок и 23 пулемета. Это вызвало полный разрыв сотрудничества с британскими властями.