В своей деятельности Дунс Скот отдал должное увлечению вопросами физики. Он довольно подробно изучал вопросы, относящиеся к пространству, времени, движению, к существованию вакуума. Проблема вакуума первоначально возникла как теологическая проблема. Из чего Бог создал мир? Существовало ли что-нибудь помимо Бога до возникновения мира? Аристотель полагал, что мир существует вечно и вакуума быть не может. Фома Аквинский, наоборот, руководствуясь Библией, настаивал на том, что мир был создан из ничего, то есть из вакуума.
В XIII веке начался процесс переосмысления положений религии. Происходил поворот к реальному миру. Рациональные объяснения и экспериментирование вытесняли толкование Библии как основного метода познания. Большую часть в ломке старых представлений проделали сами богословы-схоластики. Деятельность Дунса Скота – яркий тому пример. Разрушительная работа Дунса Скота происходила как бы изнутри. Его называли «Тончайшим доктором» за пристрастие подробно обсуждать труднейшие вопросы и подвергать сомнению устоявшиеся истины.
В Оксфорде Дунс Скот провёл тринадцать лет (1288–1301). Сначала учился, потом преподавал. Он читал лекции по курсу теологии. По рассказам, у него было 3000 учеников. Как известно, любую цифру, приведённую в средневековых источниках, надо уменьшить, по крайней мере, раз в десять, ибо к цифрам в ту эпоху относились как к литературному приёму. Поэтому лучше сказать, что у Дунса Скота было много учеников.
Руководители францисканского ордена заметили успехи Дунса Скота и приняли решение направить его в Париж для получения учёной степени доктора богословия. Диплом парижского университета в те времена означал международное признание. В 1302 году Дунс Скот отправился в Париж. Однако в 1303 году его работа над докторской диссертацией была внезапно прервана. Причиной стали события европейского масштаба – борьба французского короля Филиппа IV Красивого с папой Бонифацием VIII.
Папа Бонифаций VIII взошёл на апостольский престол благодаря отречению предыдущего папы Селестина V. Отречение папы не предусмотрено уставом католической церкви. В связи с этим недруги Бонифация VIII обвиняли его в узурпации власти, а заодно в ереси и безбожии. Говорили, что он отрицал бессмертие души, божественность Христа и существование Бога. Сейчас эти утверждения проверить невозможно, но известно, что Бонифаций был прекрасным специалистом по каноническому и гражданскому праву, а также хорошо знал философию Аверроэса.
Папа Бонифаций VIII терпимостью не отличался. В 1302 году он опубликовал буллу