«Два меча находятся во власти Церкви: меч духовный и меч материальный. Материальный меч должен быть поднят для защиты Церкви, духовный меч поднимает сама Церковь. Духовный меч в руке священника, материальный – в руке короля и рыцарей, но вынимать его из ножен можно лишь с разрешения священника…»

С такой формулировкой французский король согласиться не мог.

Чтобы продемонстрировать национальное единство в борьбе против папы, Филипп IV в июне 1302 года пригласил в Париж представителей трёх сословий – духовенства, дворянства и горожан. В Лувре состоялось собрание, на котором было принято решение о созыве Вселенского собора с целью низложения папы.

Студентам-францисканцам, учившимся в университете, учинили допрос, кого они поддерживают – папу или короля? Приблизительно половина францисканцев, а именно восемьдесят семь человек, и среди них был Дунс Скот, отказались отречься от папы. Всех их выгнали из университета и велели в трёхдневный срок покинуть Париж. В ответ папа Бонифаций VIII запретил Парижскому университету присваивать степени по теологии, гражданскому и каноническому праву.

Дальнейшая судьба Бонифация VIII сложилась трагично. Он готовился опубликовать буллу, в которой объявлял отлучение Филиппа IV от церкви. Узнав о намерениях папы, Филипп приказал арестовать Бонифация VIII. Папу схватили в Италии, недалеко от Рима, в его родном городе Ананьи. Во время ареста были разграблены дворцы, принадлежащие племянникам папы, и сожжён кафедральный собор. Через три дня сторонники папы сумели его освободить и привезти в Рим. Папе в это время было 86 лет. Полагают, что в Ананьи его пытали, и в Риме папа уже был сломленным человеком. Он ничего не ел, бился головой об стену, боялся любого, кто пытался приблизиться к нему. Через месяц папа Бонифаций VIII скончался.

Следующий папа, доминиканец Бенедикт XI, пробыл на папском престоле всего восемь месяцев, его отравил какой-то молодой монах. В 1305 году папой был избран архиепископ Бордо Бертран де Го, взявший имя Климента V. Новый папа в Рим не поехал. Он вызвал кардиналов во Францию, и церемония вступления в должность происходила в Лионе в присутствии французского короля. Климент V вообще никогда не был в Италии. В 1309 году он выбрал своей резиденцией Авиньон. Город находился под контролем Франции, хотя формально принадлежал Королевству Неаполя и Сицилии. Так началось авиньонское пленение римских пап.