Судя по выявленным документам, в конце 1940 — начале 1941 г. деятельность НКВД Литвы в значительной степени носила реактивный характер и сводилась главным образом к вербовке агентуры, противодействию выступлениям «антисоветского элемента» по круглым датам[801], а также к борьбе с деятельностью германской разведки, на что руководство НКВД ЛССР ориентировала Москва[802]. При этом уже в ноябре 1940 г. выяснилось, что штаты республиканского НКВД недостаточны даже для весьма скромных масштабов оперативно-следственной работы[803]. Это — еще один существенный аргумент в пользу того, что никаких массовых репрессивных операций в Литве советскими властями в то время не планировалось; ведь в противном случае штаты наркомата внутренних дел были бы заметно больше.
Обстановка в республике, судя по документам НКВД, была достаточно напряженной. Радикальные преобразования новых властей (национализация, отделение церкви от государства, преобразования в сельском хозяйстве) вызывали недовольство у ущемленных переменами слоев населения; в недавно присоединенном к Литве Виленском крае действовали подпольные польские организации[804]. Шло образование новых подпольных организаций из числа наиболее активных представителей бывшего государственного аппарата Литвы, причем — не без поддержки германских спецслужб, еще в конце 1939 — начале 1940 г. завербовавших целый ряд выскопоставленых сотрудников Департамента государственной безопасности МВД Литвы[805].
В ноябре 1940 г. в Берлине бывшим послом Литвы К. Шкирпой был организован Фронт литовских националистов — организация, исповедовавшая откровенно фашистскую идеологию и ориентировавшаяся в своей деятельности на нацистскую Германию[806]. О существовании этой организации, вскоре ставшей главной проблемой для органов госбезопасности в Литве, в НКВД ЛССР узнали уже в середине ноября 1940 г.[807], однако масштабы ее деятельности были осознаны гораздо позже.
В соответствии с указаниями Москвы первоначально основное внимание республиканских органов госбезопасности оказалось сосредоточено на находившихся в Литве беженцах из оккупированной нацистами Польши. В конце ноября 1940 г. глава НКВД ЛССР А. Гузявичюс направил в Москву спецсообщение, в котором констатировал, что среди беженцев из Польши есть более 4 тысяч человек, намеревающихся выехать за границу и уже имеющих либо иностранные визы, либо заверительные письма из соответствующих посольств. Гузявичуюс предлагал разрешить этим людям выехать из Литвы[808].
В Москве согласились с этим предложением, однако не ограничились им. 12 декабря 1940 г. Политбюро ЦК ВКП(б) приняло специальное постановление, касавшееся находившихся в Литве беженцев. Проблему планировалось решить следующим образом: разрешить выезд за границу тем, кто имел иностранные визы; принять в советское гражданство желающих беженцев; выслать в Казахстан и республику Коми сроком на 3–5 лет «помещиков, фабрикантов, офицеров и полицейских» из числа беженцев, а также отказавшихся принимать советское гражданство[809].