Судя по всему, согласие НКГБ СССР на депортацию контрреволюционного элемента из числа беженцев было получено незамедлительно; уже 26 марта 1941 г. были подписаны два нормативных документа — инструкция о порядке оформления дел на лиц, выселяемых с территории Литовской ССР, и инструкция для ответственных за погрузку в эшелоны арестованного и выселяемого контрреволюционного элемента из Литовской ССР[815]. Согласно этим документам, высылке из Литвы подлежали беженцы — бывшие офицеры, помещики, фабриканты, полицейские и члены их семей, а также беженцы, отказавшиеся принять советское гражданство и не выехавшие за границу[816].
Однако даже после этого провести выселение «контрреволюционных» категорий беженцев органы госбезопасности Литвы не смогли. Только спустя месяц, 23 апреля 1941 г., нарком госбезопасности Литовской ССР направил в Москву телеграмму о готовности провести операцию по изъятию «контрреволюционного элемента» из числа беженцев (планировалось изъять 2250 человек «контрреволюционного элемента» и 880 членов их семей)[817]. Интересно, что глава НКГБ Литовской ССР намеревался подлежащие изъятию контингенты не высылать, как следовало в соответствии с инструкциями 26 марта, а арестовывать и судить. Он даже сделал раскладку, в каких тюрьмах сколько человек можно содержать во время следствия[818].
Не позднее 26 апреля из Москвы пришла совместная директива НКГБ и НКВД СССР, предписывающая провести, наконец, депортацию «контрреволюционного элемента» из числа беженцев[819]. Однако ко второй декаде мая 1941 г. операция по изъятию «контрреволюционного элемента» из числа беженцев так и не была проведена, и ее пришлось впоследствии «совмещать» с депортацией 14 июня 1941 г.