Решение Москвы поставило НКВД ЛССР перед необходимостью проведения достаточно масштабной операции по выявлению и выселению из республики «контрреволюционного элемента» беженцев. Однако с выполнением этой задачи органы внутренних дел Литвы попросту не справились.
В январе 1941 г., в соответствии с упомянутым постановлением Политбюро и директивой НКВД СССР от 24 декабря 1940 г., началась «регистрация и прием заявлений по оформлению в гражданство СССР от беженцев из бывшей Польши»[810]. Чуть позже, в феврале 1941 г. (процесс регистрации беженцев на оформление гражданства СССР еще продолжался), началась подготовка выселения тех, кто от советского гражданства отказывался. «Разрабатывается оперативный план по изъятию контрреволюционного элемента, который вышлем 20 февраля 1941 г.», — говорилось в датированном 6 февраля спецсообщении НКВД Литовской ССР «О проделанной работе по регистрации и оформлению беженцев в гражданство СССР»[811]. Эта репрессивная акция в какой-то степени носила преемственный характер по отношению к действиям прежних литовских властей в отношении беженцев[812] однако если репрессивные действия литовскйх властей носили отчетливый национальный оттенок, то под ударом советских органов безопасности оказывались «нелояльные» вне зависимости от национальности.
К 20 февраля оперативный план так и не был разработан; этому помешало разделение НКВД на наркоматы внутренних дел и госбезопасности [813] . Только 14 марта 1941 г. (через три месяца после выхода постановления СНК СССР и ЦК ВКП(б)) нарком государственной безопасности Литвы П. Гладков направил в Москву предложение об аресте выявленного среди беженцев «контрреволюционного элемента»: