При правителе Годунове начали расстраивать Воронеж, Валуйки, Белгород, был восстановлен Курск, и укреплению южных границ Руси Годунов постоянно уделял много внимания как в царствование Фёдора, так и в собственное.

В 1591 году в Угличе в результате то ли несчастного случая, то ли – злого умысла, скончался сын Ивана Грозного царевич Дмитрий. В гибели царевича молва сразу обвинила Годунова, поскольку смерть Дмитрия Ивановича была выгодна ему и в реальном масштабе времени, и, тем более, в перспективе.

При живом царе Фёдоре Годунов являлся фактическим регентом, однако наличие Дмитрия всегда было чревато использованием царевича (как знамени, конечно, а точнее – как куклы) боярской оппозицией.

В случае же смерти Фёдора при живом Дмитрии шансы Годунова стать полноправным царём понижались почти до ноля, а он на престол в перспективе претендовал. К тому же, женой (в перспективе – вдовой) Фёдора Иоанновича была царица Ирина, родная сестра Бориса, а это шансы Бориса – при отсутствии законного наследника трона – повышало.

Надо сказать, что смерть царевича Дмитрия – случайная или злоумышленная, оказывалась для государства благом, поскольку особых задатков Дмитрий не имел и в случае воцарения стал бы игрушкой в руках своекорыстных анти-годуновски настроенных бояр. Так что вариант Бориса Годунова для устойчивого будущего России был однозначно лучшим.

После смерти бездетного царя Фёдора энергичный Годунов обеспечил себе избрание на царский престол на Земском соборе. Обеспечил, как пишет Ломоносов, «дарами, ласкательством, обещаниями и угрозами». Момент был острый, поскольку покойный Фёдор Иоаннович завещал трон своему двоюродному брату Фёдору Никитичу Романову, однако Годунова поддержало дворянское большинство Земского собора. Происходивший из рода костромских нетитулованных бояр Сабуровых-Годуновых, царь Борис был естественным лидером не боярства, а дворянства – как и посадских людей, и приказных дьяков, выходцев из торговых людей.

Земский собор 1598 года был созван не после выборов его депутатов всем населением, а состоял из ранее выбранного руководства сословий или лиц назначенных… Все они, так или иначе, были близки к «правителю» Годунову или зависели от него. Для них Годунов был кандидатурой безальтернативной, но он и объективно был разумным вариантом.

После избрания Годунов объявил, что он всё сделает для своего народа и готов будет «последней рубашкой поделиться»… И действительно – позднее келарь Троице-Сергиева монастыря Авраамий Палицын (? – 1626), автор «Сказания о Смутном времени», писал, что «ради всенародных строений своих Борис всем любезен бысть».