Румыния присоединила территории, которые контролировала до 1940 г. Но королевство претендовало на большее. 30 августа территории между Днестром и Южным Бугом под названием «губернаторство Транснистрия» с центром в Одессе были переданы под контроль Румынии (с перспективой присоединения после войны). Губернатором был назначен гражданский профессор Г. Алексяну, который действовал так, как будто Транснистрия уже стала частью Румынии. Но на территории губернаторства платежным средством являлась немецкая марка. Диктатор Румынии Й. Антонеску не спешил с формальным присоединением Транснистрии до конца войны.

Во время оккупации были возобновлены службы в ранее закрытых православных и униатских храмах. В то же время за период оккупации было разрушено и осквернено 1670 церквей.

На Западе Украины наибольшим влиянием среди верующих пользовалась Греко-католическая церковь во главе с митрополитом Андреем (Шептицким) (предстоятель в 1900–1944 гг.). ГКЦ располагала 4400 храмами. Позиция церкви в отношении оккупантов была двойственной. С одной стороны, священники прятали евреев от террора, с другой — были капелланами в дивизии СС «Галичина».

Летом 1941 г. была создана Автономная православная церковь Украины во главе с архиепископом Алексеем (Громадским). Она признавала верховенство Московской патриархии. В АПЦ было около 5600 приходов.

С разрешения властей 8-10 февраля 1942 г. в Пинске прошел собор Украинской автокефальной православной церкви (УАПЦ) во главе с митрополитом Поликарпом (Сикорским). УАПЦ развернула работу по сбору средств в помощь украинским пленным, но также содействовала и германским мероприятиям по отправке рабочей силы в Германию. УАПЦ имела около 500 приходов.

8 октября 1942 г. была предпринята попытка объединения УАПЦ и АПЦ, но против нее выступила как часть епископата, так и оккупационные власти. 16 декабря 1942 г. архиепископ Алексей отозвал подпись под актом об объединении.

В Германском руководстве шло обсуждение послевоенной судьбы региона — прямое управление немцев и колонизация (А. Гитлер, Э. Кох и др.) или украинизация, направленная на вытеснение русских дальше на восток украинцами (А. Розенберг). Гитлер счел, что Украина должна быть колонизована немцами. Планировались массовые депортации славянского населения с Украины на восток.

Рейхскомиссар Э. Кох счел, что для детей местного населения достаточно обучения в 4-хклассных школах. На частной основе работали платные школы-семилетки. Действовали просветительские организации («Просвита», Украинские образовательные общества и др.), которым оказывали поддержку украинские националисты. Оккупанты относились к просветительской деятельности с подозрением, тем более, что националисты использовали ее в целях пропаганды самостоятельности.