Так уж случилось, что в последние годы Иоанн остался совсем без близких друзей. Те, с кем дружил с юности — двоюродные братья Иван Патрикеев и Данила Холмский, Семён Ряполовский и иные, — они стали всё более отдаляться от него, да и сам он хотел того, чтобы они видели в нём в первую очередь государя, а не брата и друга. Любимый родной братец Юрий, самый близкий ему с детства человек, умер, возможно, и по его вине. Другие братья всё более отдалялись от него недовольные ростом его могущества и притязанием на их независимость. Всё ширилась вокруг него полоса отчуждения и пустоты, рассеивала её лишь она, жена и друг Софьюшка, которой он мог доверить любые свои тайны и даже самые фантастические планы. Она понимала их, разделяла, мало того, ещё и сама подогревала в его дерзких замыслах. К тому же он видел, что жена не болтлива, достаточно сдержанна и умна для того, чтобы даже случайно не проговориться там, где не надо. То есть Софья стала его единомышленником. Она одна понимала его.

Меж ними теперь оставался лишь один барьер, который мешал быть до конца довольными друг другом: его сын и наследник, великий князь Иван Иванович Молодой. Чем больше подрастал сын, тем более не любил свою мачеху. Она отвечала взаимностью, хотя и старалась не надоедать мужу своими жалобами. Однако это не мешало ей изредка, при случае, попрекать мужа, что слишком возвеличивает сына, ставит вровень с собой. «Зачем торопишься? — спрашивала она мягко. — Не боишься, что сын против тебя заговор организует, и народ, привыкший видеть в нём государя, поддержит его?» — «Не боюсь, — отвечал Иоанн твёрдо, уверенный в любви и покорности сына. — А народ пусть привыкает видеть в нём государя. Все мы не вечны. А случись что со мной, вдруг кто из братьев захочет занять моё место? Снова смута будет на Руси, как при отце. Все мои труды прахом пойдут. Нет уж, жена, я знаю, что делаю, тут ты мне не указ». Софье приходилось смиряться, замолкать и надеяться на рождение собственного сына, который мог бы, при случае, сделать её матерью государя.

Однако сына у неё так и не было. После третьих родов она более не беременела. Правда, первые пару месяцев после рождения третьей дочери оно добросовестно сама кормила маленькую Елену грудным молоком, но вот уже более полугода вполне могла вновь понести, однако никаких признаков беременности не ощущала. Продолжая надеяться на зачатие сына, она с нетерпением ждала каждой ночи, которую муж проводил подле неё. За пять лет они, молодые ещё и страстные люди, совсем не надоели друг другу, тем более что Иоанн довольно часто отлучался из дома. Но теперь вот уже третий месяц подряд он находился в Москве и регулярно пребывал у неё. Но пока безрезультатно.