У Генриха было много любовниц и внебрачных детей от них. У его жены Марго тоже были любовники, но детей у нее не было. Когда король Генрих III, сын Екатерины Медичи, был смертельно ранен, перед смертью он провозгласил Генриха Наваррского новым королем Франции. Но члены Католической лиги отказались признавать законность такого престолонаследования, и Генрих смог стать королем только после длительной борьбы и отречения от протестантской веры. Впоследствии его жизнь была сплошной чередой религиозных войн, сражений против Лиги, которая была в союзе с Испанией, перехода из католичества в протестантизм и обратно в католичество. Самым знаменитым эпизодом его военной карьеры считается битва при Иври 14 марта 1590 года. Это было сражение между французской королевской армией Генриха IV и войсками Католической лиги под командованием Шарля Лотарингского во время восьмой, последней Религиозной войны во Франции. Генрих тогда только своим героизмом сумел переломить ход битвы. Он повел солдат в атаку, при этом надел шлем с белым султаном, заметным издалека. А когда его войско начало отступать – Генрих остановил бегущих и воскликнул: «Если вы не хотите сражаться, то хотя бы посмотрите, как я буду умирать». После победы под Иври он начал блокаду Парижа, и как только другие города Лиги перешли на его сторону, не стал преследовать вождей, а подкупил их и таким образом получил их поддержку.

25 июля 1593 года Генрих в очередной раз торжественно отрекся от протестантизма в базилике Сен-Дени. По этому случаю ему приписывают фразу «Париж стоит мессы», но это ничем не подтверждено. Генрих IV был коронован на престол Франции 27 февраля 1594 года в Шартрском соборе, в то время ему было 40 лет. А 30 апреля 1598 года король подписал Нантский эдикт, позволяющий французским протестантам-гугенотам свободно исповедовать свою веру – это завершило тридцатилетний период Религиозных войн во Франции. Затем 2 мая 1598 года был заключен Вервенский мир между Францией и Испанией, таким образом, после нескольких десятилетий гражданских войн во Франции наконец-то наступил мир. Впоследствии Нантский эдикт был отменен его внуком Людовиком XIV в 1685 году.

В декабре 1599 года за немалые отступные король добился от папы Климента VIII развода с бездетной Маргаритой. Говорят, он хотел жениться на своей любовнице Габриэль д’Эстре, несмотря на то что она была недостаточно знатного рода. Он даже подарил ей обручальное кольцо, но свадьба не состоялась. У них с Генрихом уже было трое внебрачных детей, но 9 апреля 1599 года у находившейся на четвертом месяце беременности Габриэль случился приступ эклампсии – внезапное сильное повышение давления, что бывает при беременности. Хотя поговаривали и об отравлении. Она родила недоношенного мальчика и сама вскоре умерла.