Через несколько месяцев Людовик XIV получает письмо от настоятельницы монастыря, в котором она умоляет монарха перевести свою кузину в другую обитель. Маргарита Луиза создала в монастыре просто невыносимую обстановку: не было больше никакого покоя, невозможно было молиться и жить в тишине. Герцогиня по прибытии сначала занялась благотворительной деятельностью на Монмартре и преподносила себя с «благочестивым видом». Но вскоре ее душа не выдержала, и она вернулась к своим прежним привычкам: стала вести разгульный и расточительный образ жизни, носила вульгарный макияж и ярко-желтый парик, завела интрижку с графом Ловиньи, а позднее – с двумя членами Люксембургского полка. В этом была и вина Людовика XIV, который проигнорировал статью договора 1674 года. Он разрешил Маргарите Луизе покидать аббатство и пребывать при дворе. Из-за своих бесчинств принцесса получила среди придворных Версаля репутацию богемной дивы и развратной женщины, которая не брезговала даже конюхами. Однажды Козимо III получил известие о том, что его жену видели купающейся обнаженной в реке, и это вызвало большой скандал. В ярости Козимо обратился прямо к Людовику XIV за объяснениями. Но король ответил, что герцог не имеет права вмешиваться, раз он сам позволил жене покинуть Флоренцию.

В 1680 году герцогиня узнала о том, что муж болен, и пришла в неописуемый восторг. Маргарита Луиза заявила, что при первом же сообщении о смерти своего ненавистного мужа она полетит на крыльях счастья во Флоренцию, чтобы изгнать оттуда всех лицемеров и учредить новое правительство. Но Козимо ее перехитрил: он не только выздоровел, но в дальнейшем пережил свою супругу на два года. В 1688 году Маргарита Луиза увязла в долгах и написала письмо мужу с требованием их оплатить. Козимо резко отказал, тогда она написала старшему сыну, чтобы он повлиял на герцога. Фердинанд не собирался портить отношения с отцом из-за матери, которая его бросила, когда ему было 12 лет, и отказался вмешиваться. В конце концов, Козимо III уплатил ее долги и урезал ей содержание.

Вскоре умерла старая аббатиса монастыря Сен-Пьер-де-Монмартр, которая терпела выходки Маргариты Луизы, даже когда та грозила сжечь обитель. Новая настоятельница не собиралась потакать капризам принцессы. Она постоянно писала письма Козимо III с жалобами на его жену и королю с просьбой перевести взбалмошную кузину в другой, более строгий монастырь. За это Маргарита Луиза пригрозила ее убить и даже начала искать наемных убийц. Козимо, чтобы избежать худшего, пригрозил полностью лишить Маргариту Луизу содержания, если она не согласится перейти в другой монастырь – Сен-Манде. Только после долгих уговоров и угроз со стороны мужа и Людовика XIV принцесса согласилась переехать. В 1696 году умерла ее сестра Елизавета Маргарита и завещала ей все свое состояние, таким образом, экономическое положение великой герцогини Тосканской значительно улучшилось.