Герцог стал вегетарианцем и специалистом по овощам: шпинат, сельдерей, бобы, капуста, репа, завезенные из Америки фасоль, помидоры и кукуруза. Он поглощал их в большом количестве, похудел, и был единственным из мужчин династии Медичи, который прожил больше 80 лет. Единственное, от чего он не мог отказаться, – это очень модный в то время напиток: горячий шоколад. Однажды король Португалии преподнес ему в подарок особый сорт жасмина под названием Могерино из Гоа. Это растение с двойными, очень пахучими лепестками, Козимо выращивал в своем секретном саду на вилле Кастелло вместе с Франческо Реди, и его лепестки они добавляли в шоколад. Рецепт держали в строгом секрете, этим деликатесом угощали всех знатных гостей, которые приезжали в Тоскану. Все они удивлялись: откуда у шоколада Медичи такой приятный и необычный вкус? Но тайну рецепта не выдавали никому, ее открыли только в XX веке. Впоследствии Козимо III переименовал этот сорт жасмина в «Великий герцог Тосканы», его до сих пор выращивают в саду виллы Медичи в Кастелло, недалеко от Флоренции. В настоящее время твердый шоколад с жасмином можно купить в старинной аптеке и парфюмерной лавке «Санта-Мария Новелла».

С той же самой проблемой чревоугодия и лишнего веса столкнулся и младший брат герцога кардинал Франческо Мария Медичи, и ему Франческо Реди предписал точно такую же диету. Но Франческо Мария ответил на эти рекомендации: «Предпочитаю умереть сытым, чем жить голодным», и он умер сытым. Между тем Козимо III стал таким экспертом в области выращивания и разведения новых сортов овощей, ягод и фруктов, которые росли в садах Боболи и на виллах Медичи, что решил составить их особые каталоги. Для этого герцог пригласил флорентийского художника Бартоломео Бимби, который писал на больших холстах натюрморты. При этом на каждом из них он изображал десятки сортов одного какого-то вида овощей, ягод или фруктов, и на каждом из плодов была изображена цифра в кружочке. А внизу картины был список, где рядом с каждой цифрой он писал название сорта. Сохранились натюрморты с разными сортами цитрусовых, винограда, черешни, вишни, сливы, груш, яблок, персиков, абрикосов, клубники и многих других. Эти своеобразные каталоги вместе с другими картинами этого жанра находятся в единственном в Европе Музее натюрморта, который расположен на втором этаже виллы Медичи в Поджо-а-Кайано.

Однажды в 1683 году султан Константинополя Мехмед IV прислал великому герцогу письмо с просьбой о помощи: его зять Муссаид-Паша упал с лошади и повредил себе спину так, что не мог подняться. Нужен был опытный врач, и султан просил отправить ему Франческо Реди. Франческо не хотел ехать так далеко, к тому же ему было уже 57 лет, почтенный возраст. Он предложил вместо себя своего лучшего ученика Микеланджело Тилли. Перед тем, как Тилли отправился в Константинополь, Козимо дал ему четкие инструкции о том, что кроме лечения Муссаида-Паши Тилли должен передавать ему четкие сведения обо всех передвижениях султана и его войск. Таким образом, Тилли был не только медиком, но и шпионом. Они разработали определенный шифр: Микеланджело каждый день посылал своему учителю Реди письма о состоянии больного, между строк которого можно было прочитать всю нужную информацию. Тилли вылечил зятя султана с помощью лекарственных средств, которые он привез из Флоренции. Благодарный Мехмед завалил его деньгами и подарками, в числе которых было кофейное дерево. Вернувшись во Флоренцию, Тилли получил от герцога в награду должность заведующего кафедрой ботаники в Пизанском университете и директора Пизанского ботанического сада, где они начали выращивать кофе. Для этого Тилли сумел построить специальную теплицу, и к великой радости Козимо III кофейный куст благополучно зацвел и дал плоды в Пизе.