Во внешней политике Козимо III продолжал стратегию своего отца: дружить со всеми и не вступать в военные конфликты. Это с одной стороны было хорошо – не тратились деньги из герцогской казны на войны, солдат, оружие, пушки и обмундирование. Но с другой стороны, Тоскана перестала быть значимым государством в Европе и превратилась в захолустное. Армия Великого герцогства в то время насчитывала всего около 2500 солдат, некоторые из которых были больны. Большинство воинов были старше 70 и даже 80 лет. В архивах можно найти такие забавные записи о составе Тосканской армии, как, например: «Ослеп от старости», или «страдает подагрой и ходит, опираясь на палку». Флот был сокращен до двух галер с командой всего из 132 матросов.
Экономическое положение герцогства при Козимо III продолжало ухудшаться, а налоги приходилось поднимать. Ремесла и торговля приносили мало дохода, сельское хозяйство тоже пришло в упадок, население государства сократилось примерно на 40 процентов. Вместо некогда распаханных земель были пустоши, производство пшеницы и оливкового масла было снижено чуть ли не вполовину. Большой удачей для Европы было то, что из Америки в XVII веке завезли картошку. Но в Тоскане она появилась только в XVIII веке благодаря герцогу Пьетро Леопольду Лотарингскому. В эпоху правления Козимо III Медичи крестьяне совсем обнищали и голодали.
19 марта 1697 года российский император Петр I выехал в Европу с «Великим посольством». Это был первый в истории зарубежный визит главы российского государства. Во время своей поездки Петр I посетил Флоренцию и преподнес в подарок великому герцогу Козимо III Медичи компас из слоновой кости. Впоследствии он также прислал портреты – свой и своей супруги Екатерины I, предположительно, работы художника Ивана Никитина. Портреты сейчас находятся в галерее Уффици, а компас – в Музее серебра во дворце Питти.
В вопросах веры Козимо III был непримирим: он начал притеснять евреев и мусульман, которые жили во Флоренции и Ливорно, пытаясь силой обратить их в христианство. Евреям запрещалось пользоваться услугами христианских проституток, а христианам – еврейских. За нарушение мужчины платили штраф, а проституток публично пороли. Полностью искоренить эту древнейшую профессию не удалось, но куртизанок обязали покупать лицензию и платить налоги. Кормилицам-христианкам было запрещено выкармливать еврейских детей, и наоборот. Потом великий герцог полностью запретил христианам работать с еврейскими семьями. Козимо III пытался воспрепятствовать женщинам выступать на сцене, а мужчинам – заходить в дома, где жили незамужние женщины. Содомия каралась смертной казнью, число публичных наказаний возросло. Великий герцог обнародовал законы, запрещавшие смешанные союзы и половые акты между христианами и людьми другой веры.